近年来,随着我国不断推进城镇化建设,越来越多的集体土地被征收开发,征地补偿分配纠纷频发,直接影响到基层社会稳定。由于我国农地产权关系混乱,征地补偿在农村集体经济组织内部分配时,缺乏明确的产权界定依据和具体的法律细则,农村集体通过民主议定的征地补偿分配机制各不相同,难以平衡失地农民利益,引发了大量的分配纠纷和信访案件。征地补偿分配机制构建的基础在于产权制度。当前,在我国全面推进农村股份合作制改革背景下,集体产权制度发生变革,亟需探索建立新的征地补偿分配机制,解决征地补偿分配纠纷问题。本文采用调查实证分析和规范化研究相结合,研究农村股份合作制对征地补偿分配机制构建的制度功能,对于解决征地补偿分配对象界定难、分配原则不明确、分配方式混乱等问题具有重要意义。本文研究的主要内容可归纳为四个方面:第一,引入利益相关者理论,剖析征地补偿分配机制利益相关者的行为特征、利益诉求、联系与互动,归纳我国征地补偿分配的纠纷类型及产生原因。第二,从土地产权理论角度,分析农村股份合作制的内在机理,阐明其对推动构建新型征地补偿分配机制的制度功能。第三,案例分析,以舟山市D镇为例,阐述农村股份合作制改革下征地补偿分配机制的创新与应用,并与传统征地补偿分配机制对比,分析新机制的优势及不足。第四,从协同治理视角,提出农村股份合作制下优化征地补偿分配机制的建议。本文认为,农村股份合作制改革下征地补偿在农村集体经济组织内部分配时,应遵循按照股份分配的原则,建立起新型的征地补偿分配机制,有效推进土地产权入市交易、科学民主开展决策、协调统一分配原则、农民共享长期收益,从而缓解因征地补偿分配引起的基层治理矛盾。