现代社会中，刑事诉讼程序基于案件类型、被告人状况、刑罚轻重等因素日趋分化。区分认罪案件与不认罪案件适用不同程序，就体现了这一趋势。但是，现代刑事诉讼制度采取竞技主义的理论预设，假设国家与犯罪嫌疑人、被告人处于一种相互斗争的对立、冲突关系。而认罪会减少甚至消除国家与犯罪嫌疑人、被告人的冲突，建立专门适用于认罪案件的诉讼程序就给现代刑事司法制度提出挑战。而实践中，多数刑事案件都是通过认罪程序处理，或由此实现案件分流，或由此提高诉讼效率，或由此恢复法律秩序。因此，认罪案件诉讼程序研究具有重大理论和实践意义。本文首先以许霆案为基础对“指控事实无异议说”的认罪概念提出批判，这一概念将“认事不认罪”的行为也视为认罪，有悖于常识常理常情，会造成刑事立法和司法实践中的困惑和混乱。在批判的基础上对认罪概念进行重构。从实体层面看，认罪是承认自己实施的行为构成犯罪。它是价值判断而非事实判断，是情感表示行为而非法律行为。从程序层面看，认罪是指犯罪嫌疑人或者被告人在刑事诉讼中向国家或者被害人承认自己所实施行为构成犯罪。自首、供述、悔罪等概念与认罪存在种种联系，但也存在区别。其次，对认罪案件诉讼程序基础理论进行探讨。目的论和构造论是刑事诉讼两大基本理论范畴，也是认罪案件诉讼程序的理论基础。以惩罚犯罪和保障人权为内容的双重目的说，是我国现阶段刑事诉讼目的理论的主流学说。但是，认罪案件诉讼程序对该学说提出了挑战，双重目的说无法解释认罪案件诉讼程序中的许多重要问题，比如认罪案件程序简化、刑事和解中以被害人中心主义、附条件不起诉中的非犯罪化、非刑罚化处遇措施等等。国内有学者提出纠纷解决说，但该学说也存在局限，比如无法解释认罪程序中对事实基础的审查。本文在对我国现有刑事诉讼目的理论进行梳理的基础上，认为应建立法的和谐性理论，为认罪程序提供有效理论支撑。从构造论出发，认罪案件诉讼程序颠覆了现代刑事诉讼程序竞技主义的理论预设，当事人主义和职权主义的区分均不完全适用于认罪程序，但认罪程序中却同时存在二者的合理因素，促进了两种构造的有效融合。量刑问题是一个实体问题，但认罪程序中的量刑减让则不单单是实体问题。报应刑罚论关注“已然之罪”，无法建立认罪与量刑减让之间的联系。从功利刑罚论出发，被告人认罪态度好、有悔改之意可获得量刑减让，但判断被告人认罪动机是非常困难的。从程序出发，认罪与量刑减让可视为国家与被告人之间的交易，但这会造成认罪案件与不认罪案件量刑的差异，因此，有必要对这种差异进行合理规制。再次，归纳和总结了认罪程序的模式，对不同模式利弊进行分析。从认罪案件与不认罪案件适用程序的关系看，可区分为同一程序模式和多元程序模式，这种区分符合认罪程序的发展规律。从程序简化角度，可分为庭审程序简化模式与审前程序简化模式。从全球范围看，认罪案件程序以庭审程序简化为主，而审前程序简化则较为罕见。我国实务界曾尝试认罪案件审前程序简化，但效果并不理想。从处理结果上看，可区分为报应性司法模式与恢复性司法模式。认罪在二者中的功能存在区别。报应性司法强调认罪的证据功能，而恢复性司法则凸显认罪的价值判断属性。从能否对认罪后的处遇措施进行协商来看，可分为认罪协商程序模式与非协商程序模式。复次，对我国认罪案件诉讼程序分析。我国2012年修订后《刑事诉讼法》扩大简易程序适用范围，确立附条件不起诉制度和刑事和解程序。这三种程序标志着我国已建立专门适用于认罪案件的多元化诉讼程序。本章从适用范围、程序启动、程序简化、权利保障与权力制约等具体制度展开对这三种程序的分析和探讨。将这三种程序置于上章提出的不同模式下，对其利弊进行分析和评判。最后，对认罪案件诉讼程序中的证明问题进行探讨。现代刑事证据制度也采取竞技主义的理论预设。被告人认罪对刑事证据制度的基本原则和规则产生冲击。从证明方式上看，认罪程序中的证明经历了由严格证明到自由证明的转化历程。但由于我国刑事诉讼在实践运作呈现“案卷笔录中心主义”的裁判模式等因素，导致认罪案件与不认案件的证明方式和过程中在实践运作中并无明显区别。