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目的:建立高分辨熔解曲线分析(high-resolutionmeltingcurveanalysis,HRMA)技术检测中国人群急性髓系白血病(acutemyloidleukemia,AML)、骨髓增生异常综合征(myelodysplasticsyndrome,MDS)和慢性髓系白血病(chronicmyeloidleukemia,CML)中剪接因子3b亚基1(splicingfactor3bsubunit1,SF3B1)基因的突变。
方法:收集按FAB(French-American-British,法-美-英)和WHO(WorldHealthOrganization,世界卫生组织)分型标准诊断的初诊AML患者275例、CML患者81例、MDS患者92例骨髓标本,用人淋巴细胞分离液(Ficoll-Hypaque)分离骨髓单个核细胞,DNA抽提试剂盒提取基因组DNA。针对SF3B1基因热点突变位点(密码子E622、H662、K666及K700)设计PCR扩增引物,建立带有温度内标校准品的PCR扩增反应体系,在ABI7300PCR扩增仪上分别对这些基因进行扩增,应用HRMA对相应PCR产物进行突变检测,并对HRMA检测结果进行DNA测序验证。
研究结果:(1)HRMA检测SF3B1基因突变灵敏度:HRMA检测SF3B1K666T突变的最大灵敏度为5%,高于直接DNA测序的灵敏度(10%);检测SF3B1K700E突变的最大灵敏度为5%,高于直接DNA测序的灵敏度(25%)。(2)AML患者中SF3B1基因突变:275例初诊AML患者中3例(1.1%)检出SF3B1突变,均为杂合性突变,包括1例K666T、1例K666N和1例K700E。3例突变者均见于正常核型。其中1例同时伴有核仁磷酸蛋白1(nucleophosmin1,NPM1)与DNA甲基转移酶3A(DNAmethyltransferases3A,DNMT3A)突变,1例同时伴有FMS样酪氨酸激酶3-内部串联重复(fms-liketyrosinekinase3-intenaltandemduplication,FLT3-ITD)与DNMT3A突变,另外1例伴有NPM1突变。(3)MDS患者中SF3B1基因突变:92例MDS患者检出5例(5.4%)SF3B1突变,均为杂合性,包括3例K700E、1例H662Q和1例K666M突变;5例SF3B1突变患者主要见于难治性贫血伴有环状铁粒幼红细胞(refractoryanemiawithringsideroblast,RARS)及难治性血细胞减少伴有多系发育异常和环状铁粒幼细胞(refractorycytopeniawithmultilineagedysplasiaandringsideroblasts,RCMD-RS)亚型(33%比2%,P=0.006);伴或不伴SF3B1突变者性别、年龄、血红蛋白含量、血小板计数及生存时间方面并无显著性差异(P>0.05);根据染色体核型分组,5例SF3B1突变患者均为好或中等的染色体核型;根据国际预后评分系统(InternationalPrognosticScoringSystem,IPSS)分组,5例突变均发生于IPSS低危组或中危-1组患者。(4)CML患者中SF3B1基因突变:CML患者中未检测出SF3B1突变。
结论:(1)HRMA是一种快速、重复性好、灵敏度高、高通量的SF3B1基因突变筛选技术,可以用于对临床大批量标本进行基因突变筛选;(2)SF3B1基因突变主要见于伴有环形铁粒幼细胞(ringsideroblasts,RS)的MDS亚型;(3)SF3B1基因突变在AML及CML患者中是一个罕见的分子事件。