研究背景伏格特-小柳原田综合征（VKH）是一种罕见的自身免疫性疾病,该病以双眼弥漫性葡萄膜炎合并眼外的头痛、耳鸣、听力减退、白斑、脱发、白发和颈部僵硬等症状为主要的临床表现。已有少量的基因被报道在VKH患者的外周血单个核细胞（PBMC）中出现异常的mRNA表达,但是目前尚无VKH患者PBMC的mRNA转录组表达谱数据。目的采用mRNA测序的方法,对VKH患者治疗前和治疗后以及健康人的PBMC进行测序,获得各组mRNA表达谱信息,通过对各组mRNA表达谱分析,以探究VKH患者外周循环系统中单个核免疫细胞在疾病过程中和治疗过程中在转录水平的病理特点、明晰疾病潜在的病理过程和分子机制,以便寻找VKH潜在的生物标志物和药物治疗靶点。方法该研究我们对VKH伴有活动性葡萄膜炎且未经治疗患者（n=7）、同一病人接受泼尼松联合环孢素治疗8周后（n=7）、与患者年龄及性别相匹配的健康人（n=7）的PBMC进行mRNA测序。使用R语言的DESeq2包对两组之间表达有差别的基因进行鉴定。矫正后得到的p值（即padj）<0.05且变化倍数（即FC）>1.5被认为是差异表达的基因。使用Gene Ontology（即GO）和Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes（即KEGG）数据库对筛选到的差异基因进行生物信息学注释和通路富集。利用蛋白互作数据库STRING对差异基因进行蛋白互作网络的构建,并使用Cytoscape软件中的cyto Hubba插件寻找hubgene。在公共可用的单细胞测序数据网站上下载到一例健康人PBMC的单细胞测序数据。利用R语言的Seurat包对其进行细胞亚群的提取,然后查看我们鉴定到的差异基因在健康人PBMC细胞亚群中的分布。在GEO数据库中的GSE148020数据集中下载了VKH伴有活动性葡萄膜炎且未经治疗患者的外周血单核细胞的单细胞测序数据,利用R语言Seurat包中的Find Markers函数,将阈值设置为FC>1.5,padj<0.05筛选差异基因。结果通过比较未治疗组（VKH患者伴有活动性葡萄膜炎且未接受免疫调节药物治疗）和健康对照组的mRNA表达数据,发现有118个差异表达的基因,其中表达上调的有107个,表达下调的有11个。同一病人治疗前（VKH患者伴有活动性葡萄膜炎且未接受免疫调节药物治疗）与治疗后（VKH患者伴有活动性葡萄膜炎并使用泼尼松联合环孢素治疗8周后）的mRNA表达数据相比较,发现有21个差异表达的基因,其中表达上调的有3个基因,表达下调的有18个基因。基于GO对差异基因进行注释富集分析发现,未治疗组和健康组的差异基因主要富集在Neutrophil degranulation,Peptidase regulator activity,Secretory granule membrane等条目上;未治疗组和接受治疗组的差异基因主要富集在Cellular response to peptide,Growth factor binding,Cell projection membrane等条目上。利用KEGG数据库对差异基因进行通路富集分析发现未治疗组和健康组的差异基因主要富集在Arachidonic acid metabolism,Phagosome,Malaria,Cholesterol metabolism,Glutathione metabolism等通路上;未治疗组和接受治疗组的差异基因主要富集在MAPK signaling pathway,Ras signaling pathway,C-type lectin receptor signaling pathway,Proteoglycans in cancer,Regulation of actin cytoskeleton等通路上。利用STRING数据库,对所有差异基因进行了蛋白-蛋白互作网络图的构建,发现CSF1R基因为最高连接度的hubgene。提取出健康人PBMC中的CD4+T细胞、CD8+T细胞、B细胞、NK细胞和单核细胞五群细胞,发现我们鉴定到的差异基因（未治疗组和健康组比较）,大约有60%的基因主要在单核细胞群中表达,但这部分基因与单核细胞的单细胞测序数据整合后得到的差异基因未出现交集。结论基于对VKH患者治疗前后及健康对照组PBMC中mRNA测序数据的分析,可见在疾病过程中和治疗过程中,VKH患者的PBMC在转录水平发生了异常的改变。