我国刑事诉讼法在2012年修改的时候,在其条文的第52条第2款中明确了行政机关在履行其职责时获得的物证、书证、视听资料和电子数据等证据,可以用来证明刑事案件事实的存在。在这个条款出现以前,对行政执法证据如何在刑事案件中运用就存在争议,在这个条款出现以后,争议非但没有平息,反而在实务界和学术界引起了较之以往更为激烈的争议。证据在案件处理的过程中具有很重要的作用,它甚至可以改变一个人的命运,尤其是在涉嫌犯罪的案件中,因为涉嫌犯罪的案件经常会涉及到行为人的人身自由和生命安全。在司法实践中,有很多的案件一开始是由行政机关发现并作为行政案件进行处理的,但是在处理的过程中,发现案件符合刑法中有关犯罪的规定,行政机关就需要把查到的与案件有关的事实和证据交给侦查犯罪的机关,由此按照行政违法处理的行为就需要按照刑事犯罪处理,行政程序也需要与刑事程序进行衔接,那么行政机关在履行其职责时获得的证据如何在刑事司法中运用,这是一个值得思考的问题。当前,我国法律只明确了行政机关获得的包括物证在内的几种证据可以在刑事案件中被使用,但对于其他的证据,法律并没有过多的进行规定,而且法律仅仅只是明确规定上述几种证据可以在刑事案件中适用,但是并不是必须都要适用到刑事案件中去,只有与案件事实有关的证据以及排除非法证据后的证据才可能要移交给侦办刑事案件的机关。行政机关在履行其职责时获得的证据在刑事司法运用中也并不是尽善尽美的,会存在立法不健全、移送审查制度不完善以及监督力度不够等问题,这就需要明确这些证据在刑事案件中适用的范围,即明确其中的哪些证据可以在刑事案件中被采纳。明确了哪些证据可以在刑事案件中运用后,还需要统一行政机关在履行其职责时获得的证据在刑事案件中适用的具体规则,因为行政机关在履行其职责时获得的物证、书证、视听资料、电子数据与当事人陈述、证人证言与鉴定意见、检测结论、检验报告与勘验笔录、现场笔录在刑事司法中的运用是存在不同的。当行政案件转化为刑事案件时,对于其中的物证、书证、视听资料、电子数据只要符合法律规定,经过法定程序就可以作为刑事证据被采纳;对于其中的当事人陈述、证人证言除了无法重新收集外,其他的应当重新收集;对于其中的鉴定意见则是要区分不同的情况,有鉴定资格的机构和人员作出的鉴定意见,符合法定程序的就可以用来表明刑事案件的事实情况;对于其中的勘验笔录符合法律规定的可以运用;对于其中的现场笔录则是需要区分其形式为何,再根据其形式确定如何具体运用。除此之外,还需健全移送审查制度以及加强监督。通过对文献及案例进行研究,及时发现问题,并针对发现的问题提出切实可行的建议,这样才能使得行政执法机关获得的证据更好的运用到刑事案件中,也才能使得我国的证据制度更加完善。