粤港澳大湾区创新生态系统的构建是一个复杂的系统工程,不仅需要各类充满活力的创新主体,也需要集聚资本、技术、人才、信息等各种要素,还需要支持创新创业的“硬环境”和“软环境”,为粤港澳大湾区公共管理效率和效能提出了更多、更高的要求。相比于现阶段公共行政领域为人所熟知的其他制度安排,协同治理作为一种“可以跨越组织功能和边界”的治理模式,在复杂公共问题的解决上具有独特的优势。研究发现,粤港澳大湾区创新生态系统中创新主体由政府、企业、高校、金融机构、中介服务机构、用户(公众)等构成,受区域异质性、物种多样性、生态位分化和创新环境影响,不同创新主体由于创新基础、资源和能力的不同分化成自组织发展的研究群落、开发群落、应用群落。创新生态系统的演进发展亟需通过协同治理打破创新要素之间的限制,培育良好创新环境,加强粤港澳创新生态圈中创新主体、创新群落之间的深度融合和相互合作。借鉴国内外协同治理和创新生态系统理论,构建粤港澳大湾区创新生态系统协同治理的框架。框架指出:(1)区域异质性是粤港澳大湾区创新生态系统协同治理的内生性属性,也是协同治理创新的基础和突破方向;(2)创新治理网络由交通网络和信息网络构成,是粤港澳大湾区创新生态系统互联互通的重要基础;(3)制度层、活动层、保障层是推动粤港澳大湾区创新生态圈发展的三大层面,是解决现有协同治理困境的关键;(4)“因地制宜、因时制宜、因人制宜、因事制宜”四大治理原则是粤港澳大湾区创新生态系统协同治理必须遵循的原则。对比理想治理框架,多元制度差异明显、区域协调机制不够健全、创新链条衔接不畅、治理网络不够完善、数据赋能协同治理不足等是粤港澳大湾区难以实现协同治理的原因。结合世界典型湾区创新生态系统协同治理经验,针对粤港澳大湾区创新生态系统协同治理困境,提出粤港澳大湾区创新生态系统协同治理的对策建议。