目的随着新医改的实施，基层医疗卫生机构经营过程中出现了一些问题。而这些问题与基层群众的健康事业息息相关。如果不对乡镇卫生院发展过程中出现的问题加以重视和研究，就会直接影响新形势下医疗卫生事业整体和谐发展的格局。本研究通过对安徽省部分乡镇卫生院的调查，旨在分析在新农合背景下安徽省乡镇卫生院当前现状并针对其中存在的问题探讨相应的对策。方法在安徽省随机选取16个县，采用分层随机抽样的方法，抽取40所乡镇卫生院。对相关人员采取自填问卷的形式进行调查。主要调查乡镇卫生院的基本状况、卫生人力资源、技术水平、卫生服务供给和基本检查设备拥有量的情况。结果（1）乡镇卫生院发展不均衡，差异大；（2）每千农业人口拥有卫生院医师不足，医疗服务供给能力差异性大；（3）医护比例失调，低职称和低学历在岗人员偏多，人员进修学习机会偏少；（4）药品收入占总收入的比重依然偏大；（5）医疗设备数量不足，质量不高，技术落后，设施陈旧。医疗辅助检查手段少，医疗技术科技化程度低。结论针对目前乡镇卫生院存在的情况，应该加大政府财政投入、建立多渠道筹资机制、加强基层卫生人员培养、更新医疗设备及技术，从而改善乡镇卫生院的现状。