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耳叶是鸡典型的外貌特征,其位于耳孔下方,为无羽毛覆盖的圆形或椭圆形的褶皱皮肤结构,颜色因品种而异,在一些品种中可以发现黄色,蓝色,紫色和黑色,但常见的是红色和白色。近几年的研究表明,鸡的红色/白色耳叶颜色在某些品种中是一种受多基因控制的性状,但其分子遗传和组织学机制尚不清楚。本研究选取红耳的北京油鸡和白耳的白来航鸡为主要研究对象,通过冰冻切片深入观察红/白耳叶组织结构;运用高通量测序技术分析了上述两个品种35日龄和105日龄耳叶组织的转录组数据,在基因表达水平上筛选出差异表达的候选基因并运用荧光定量方法进行检测;获得如下初步研究结果:1.通过对3只105日龄北京油鸡和3只105日龄白来航鸡耳叶皮肤组织进行冰冻切片试验,发现红色耳叶真皮层的窦状毛细血管数量多于白色耳叶,而表皮层和皮下组织无明显差异。2.通过对3只35日龄北京油鸡（BY35D）、3只35日龄白来航鸡（BLH35D）、3只105日龄北京油鸡（BY105D）和3只105日龄白来航鸡（BLH105D）耳叶组织的转录组数据分析发现,在四个比较组中（BLH105DBLH35D、BY105DBY35D、BLH105DBY105D和BLH35DBY35D）分别鉴定出2244、914、540和718个差异表达基因。GO分析显示这些差异表达基因参与各种生理过程,如代谢过程、发育过程、色素沉着等。KEGG通路分析中显著富集到了造血细胞谱系通路。我们筛选出与血管生成相关的差异基因（IL8L1）、与血红蛋白相关的差异基因（HBBA、HBA1、HBM）和血红素相关的差异基因（CYP3A5）。3.本研究选择了差异倍数|7)2)2Fold change|≥2且q值（校正后的Pvalue值）最小的HBA1和HBM基因以及在四个比较组中均表现差异的CYP3A5基因,同BNC2、SLC38A4、SLCO4C1三个文献报道的候选基因一起进行实时荧光定量实验。实验结果表明qPCR结果和RNA-seq结果中六个基因上调和下调表达趋势完全一致,同时两组结果存在显著的相关性,表明所测的RNA-seq数据结果可靠。定量结果显示六个基因中仅HBA1和HBM基因在红耳组和白耳组中存在显著差异表达。对HBA1基因进行组织表达谱实验,结果显示HBA1基因在血管丰富的内脏组织中高表达,其中在肺脏中的表达量最高,而在皮肤中表达量最低;在同属于皮肤结构的耳叶组织中红耳表达量显著高于白耳,其余组织差异均不显著。本研究解析了红/白耳叶的组织结构差异,从转录组水平挑选了与耳色形成相关的候选基因并加以检测,但仍需要开展更加深入的试验来进行功能验证,以确定这些基因控制耳叶颜色形成的遗传分子机制。本研究为揭示家禽耳色性状形成的遗传机制提供了基础数据。