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我国畜产品出口的壁垒主要是畜禽疫病及产品中的药物残留问题,这是影响我国畜禽产品走进国际市场的关键。我国畜牧业占农业很大比例,因此研制新的饲料以及饲料添加剂,特别是生物制剂,是实现安全、无污染、无残留的緑色畜产品生产的重要途径。本研究对分离菌株进行了形态、生态和生理生化特征的分析及分子生物学鉴定;通过菌株的相关性质的研究,对菌株的作用机理做一初步探讨;对菌株的液体、固态及混菌发酵工艺进行了优化研究;通过动物喂养实验,确定了微生态制剂的作用效果。研究结果表明:1.通过对两株芽孢杆菌B02和B03的形态特征、生态特征及生理生化特征的分析,可初步初步鉴定2株菌为蜡样芽孢杆菌。16S rDNA序列同源性分析结果表明:B02和B03菌株均为Bacillus cereus（蜡样芽孢杆菌）。毒理试验表明,2株菌在正常使用量内安全无毒。同时分离获得了2株优良的产酶菌株:烟曲霉F10和米曲霉F20,并确定了其分类地位和安全性。2.通过相关性质实验,初步确立了菌株B02和B03的抑病促生机理是以生物夺氧机制为主,菌群平衡为辅,同时产生的多种有益代谢产物可提高动物的消化吸收率。3.优化了蜡样芽孢杆菌菌株B02的液体发酵工艺和固体发酵工艺,其液体发酵最佳工艺为:豆粕0.2 g·kg-1,KCL0.02 g·kg-1,初始pH5.0,培养温度35℃;固体最佳工艺为:麦草和麸皮7份,油渣3份,初始pH7.5,基质含水量85 %,接种量106个·ml-1,培养温度33～35℃。为微生态制剂的生产应用提供了良好的理论依据和技术支撑。4.对菌株B02进行芽孢形成条件的优化,结果表明,在培养基中适当添加Ca2+或Mg2+可显著提高其生长速率、生长量及促进芽孢形成。5.优化了2株曲霉菌株F10和F20的固体发酵工艺,并确定了应用腊样芽孢杆菌B02和烟曲霉F10的混菌固态发酵工艺,菌株B02和FG10混菌发酵的最佳条件为初始pH7、接种量105个·ml-1,35℃下培养60 h。在此条件下,菌株B02的菌数可达1.792×1013 cfu·mL-1;固态基质的纤维素酶活可达6 028.5μg·（g·min）-1。为饲用酶制剂和复合微生态制剂的生产应用提供了优良生产菌株和良好的理论依据。6.动物试验结果表明:复合微生态制剂按5.0×107个·kg-1剂量投服,对猪霍乱沙门氏菌性肠炎有较好的预防效果;按2.0×108个·kg-1剂量投服,对猪霍乱沙门氏菌性肠炎的治愈率可达90 %,与对照药品土霉素的疗效相当。雏鸡早期饲喂微生态活菌制剂1.0×106个·kg-1能预防鸡白痢,保护雏鸡免遭鸡白痢沙门氏杆菌的感染,减少雏鸡死亡,提高育雏成活率。当饲喂量按2.0×108个·kg-1添加时,治愈率可达90 %,可完全替代常用抗生素环丙沙星。