随着国际化竞争日趋激烈,作为国家核心竞争力之一的科学技术成为各国发展的首要方向,而高校科研在我国科技创新体系中占据十分重要的地位,因此客观公正地评价高校科研的投入产出效率以及合理有效地配置科研资源是当前政府和高校需要重点关注的问题。2015年10月,国务院正式颁布了有关“双一流”建设的总体方案,明确指出“双一流”建设的目标是要在我国高等教育领域建设一批具有世界一流水平的大学和世界一流水平的学科。但是通过国内外高校科研情况对比,认识到我国高校的科研水平与国际一流高校相比还有很大的差距。因此本文重点研究一流大学的科研绩效评价方法,分析影响科研绩效的各项因素,弥补当前科研绩效评价领域的不足。本文针对高校科研活动,搭建出符合大多数高校科研流程的高校科研系统框架(包含科研成果生成子系统与科研成果转化子系统),同时由于共享资源下的交互系统越来越普遍存在,而高校科研系统就属于这类系统结构,本文构建了资源共享与子系统交互的两阶段数据包络分析(DEA)模型予以应对,即高校科研系统绩效评价模型。本文以“双一流”高校中40所一流大学的高校科研系统作为研究对象,选取高校科研系统的投入产出指标,采用高校科研系统绩效评价方法,结合Stackelberg博弈思想进行运算,得到40所一流大学的科研系统效率和子系统效率,并对高校科研系统进行效率评价分析以及目标协同评价分析。从整体上来看,一流大学的科研水平还有待提高,尤其是高校科研成果转化水平。从效率分析和目标协同分析来看,40所一流大学中北京航空航天大学达到科研系统效率最佳,即系统达到目标协同,其余科研系统效率均低于1。同时科研系统中子系统的效率有高有低,有3所一流大学高校科研系统的科研成果生成子系统效率达到最佳,即该子系统达到系统目标协同,有4所高校的科研成果转化子系统效率为最佳。本文得出一流大学的科研创新水平和科研成果转化水平都有待提高,因此针对暴露出的问题提出高校内部管理、政府政策保障、社会平台构建等建议。本文在我国一流大学的高校科研系统绩效评价中所采取的思路和得到的结果,对于提高我国其它高校科研系统科研效率,促进高校科研体制创新具有重要意义。