呼伦贝尔草原短尾羊是由国家农业部认定的内蒙古的地方肉羊品种,因其尾短、产肉性能好、瘦肉率高等特点成为牧民养殖绵羊的良好选择,具有很高的经济价值和育种价值。目前对呼伦贝尔草原短尾羊的研究主要集中在对其尾部性状遗传机制的探索。本研究首次应用单细胞转录组测序技术（sc RNA-seq）从细胞层面、生物信息学角度揭示呼伦贝尔短尾羊和乌珠穆沁羊16天胚胎基因表达差异,研究两种胚胎不同细胞类群变化和基因表达的富集通路变化、细胞互作等,为揭示呼伦贝尔草原短尾羊胚胎发育性状形成的潜在分子机制奠定基础。利用单细胞转录组测序技术,研究了呼伦贝尔短尾羊和乌珠穆沁羊16天胚胎基因表达差异。结果如下:（1）分析了两类胚胎早期发育的基因表达差异,挖掘出一些参与尾部发育的调控因子,发现呼伦贝尔短尾羊胚胎主要由8个细胞类群组成,乌珠穆沁羊胚胎主要由13个细胞类群组成。（2）高表达标志性基因筛选,发现Hippo通路在乌珠穆沁羊脊索细胞亚群和轴旁中胚层细胞亚群中富集,推测Hippo通路参与绵羊尾部的发育调控。（3）绵羊胚胎脊髓类细胞、脊索类细胞、体节类细胞、轴旁中胚层类等四类细胞亚群基因表达分析,发现胎球蛋白（AHSG）和甲胎蛋白（AFP）在乌珠穆沁羊的脊髓细胞中高表达;胰岛素样生长因子结合蛋白5（IGFBP5）和卵泡抑制素（FST）在乌珠穆沁羊的脊索细胞中高表达;同时发现波形蛋白（VIM）和凝集素3（LGALS3）在体节类细胞中高表达。（4）通过RNA速率分析,发现乌珠穆沁羊早期胚胎中的间充质细胞类群有转化为脊索细胞的趋势,这群细胞的转化可能参与尾部发育的调控。通过细胞互作分析,发现IGF2是参与尾部发育的重要调控因子。结论:呼伦贝尔草原短尾羊和乌珠穆沁羊16天胚胎发育的细胞类群,分别有8种和13种。在绵羊尾部发育过程中,筛选出Hippo、TGF、WNT等信号通路共同协作调控尾部发育。