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目的（1）探讨人群特异标记是否混杂风湿病（RA,AS,SLE）关联研究结果。（2）探讨中国汉族人群分层对全基因组关联研究的影响。（3）探讨人群特异标记在中国汉族RA和对照组以及不同地区之间差异。方法（1）利用pubmed及手工检索方式检索类风湿性关节炎、强直性脊柱炎、系统性红斑狼疮易感基因、人群特异标记以及长距离连锁不平衡区域相关文献，并提取相关的位点和人群特异标记及长距离连锁不平衡区域。(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)和(http://www.scandb.org/newinterface/index.html)网站查询相关易感基因及遗传标记在染色体上位置，将类风湿性关节炎、强直性脊柱炎、系统性红斑狼疮易感基因和人群特异标记、长距离连锁不平衡区域在染色体上的位置进行比较。（2）利用主成分分析的方法对1846例中国汉族无关个体基因分型结果进行分层分析,其中928例来自类风湿性关节炎病例组，918例标本来源于健康对照组。按地区来源其中1445例来自上海，237例来自北京，97例来自四川，57例来自沈阳。（3）采用卡方检验比较人群特异标记等位基因频率在病例组和对照组之间差异以及不同地区之间差异。结果（1）通过文献检索出风湿性疾病（RA、SLE、AS）100个位点左右，人群特异标记共1004个位点以及41个长范围连锁不平衡区域，并查询相关染色体区域，进行比较，结果提示人群特异标记并未混杂风湿性疾病（RA,AS,SLE）关联研究结果。（2）利用主成分分析方法对中国汉族人1846例无关个体SNPs分型数据进行分层分析结果：中国汉族人群病例组和对照组未见明显分层现象。同时对人群分层的指标—基因组波动系数（λGC）进行计算（包括全部SNPs的基因组波动系数λGC为1.093），提示中国汉族人群微弱人群分层对中国汉族GWAS影响不大。对本研究样本以地区分层之后，并未发现明显的分层现象。（3）通过卡方检验比较221个人群特异标记等位基因频率在病例组和对照组以及不同地区之间的差异，结果提示无显著性差异。结论：（1）通过对风湿性疾病（RA、SLE、AS）易感基因和人群特异标记以及可能导致关联研究出现虚假相关的长距离连锁不平衡区域相关染色体区域结果进行比较，发现人群特异标记以及长距离连锁不平衡未混杂RA,AS,SLE关联研究的结果。（2）中国汉族人群未观察到明显人群分层现象，对关联研究及GWAS影响不大。（3）不同种族、不同地区的人群特异标记在中国汉族不同地区人群中无显著差异，其他国家种族的人群特异标记和中国汉族人群特异标记存在差异。