MyoG、IGF1和GH基因的SNP筛选及与家兔生长性状的关联分析

来源 :湖南农业大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:wsz2228507
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我国养兔历史悠久,是兔肉生产和消费的大国。传统的选育方法往往不利于家兔生长性状的早期育种选择,利用DNA水平的选择方式来实现代替遗传表型学作为科学基础的辅助选择,能大大提高选种的效率和准确性。本研究为了寻找与家兔生长性状相关的分子标记,获得对生长发育功能具有重要作用和影响的功能基因和分子标记,为家兔的饲养和育种提供重要的科学理论依据,试验以九嶷山兔(JYS),新西兰兔(XXL),福建黄兔(FJ),比利时兔(BLS)等4个品种为研究对象,通过直接测序法筛选了家兔MyoG、IGF1和GH基因的部分SNP位点,采用PCR-RFLP和PCR-SS CP分子技术检测并用通用线性模型分别分析了这些基因与家兔生长性状的相关关系。获得了如下研究结果:1、关于MYOG基因的研究结果:(1)在外显子1筛查到一个突变位点g.126.A/G,该位点A为优势等位基因;群体中存在AA、AG和GG3种基因型;该位点遗传遗传多态信息较高(0.25<PIC<0.5),表明家兔该位点具有较高的选择潜力。(2)g.126.A/G位点的关联分析表明:在JYS的MyoG基因g.126A>G位点的GG基因型个体在56、84、90日龄的体重均显著高于AA、AG基因型(P<0.01)。在JYS种群中,GG基因型个体的胸围和体重显高于AA基因型个体(P<0.05);XXL和BLS种群中AG基因型个体的体重显著高于AA基因型个体(P<0.05);BLS种群的AA基因型个体长显著高于GG基因型个体(P<0.05);FJ种群的AA基因型个体的胸围显著高于GG基因型个体(P<0.05)。(3)在外显子2检测到一个多态性突变位点g.1821.G>A,表现出三种基因型AA、AB、BB。该位点的遗传结构分析表明:XXL多态信息含量P IC处于低度多态(PIC<0.25),其他3个品种均属于中度多态(0.25<PIC<0.5)。(4)g.1821G>T位点的关联分析结果显示:BB基因型个体在42、72、90日龄的体重以及56-90日龄平均日增重均显著高于AA、AB基因型(P<0.05),90日龄时AA基因型个体的体重显著高于AB基因型个体(0.01<P<0.05),BB基因型个体体重在56日龄和35-90日龄平均日增重表现显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)高于AA、AB基因型个体。JYS种群AA基因型个体胸围显著高于AB基因型个体(P<0.05),XXL、F J、BLS三个家兔种群BB基因型个体的体重极显著高与AA基因型个(P<0.01),BL S的BB基因型个体的胸围显著高于AA基因型个体(P<0.05)。2、关于IGF-1基因的研究结果:(1)外显子1上检测到一个突变位点g.248.T>C,表现出3种基因型CC、CD、DD,遗传结构分析结果表明:JYS和BLS属于高度多态(PIC>0.5),XXL属于中度多态(0.25<PIC<0.5),FJ属于低度多态(PIC<0.25)。该位点之间遗传杂合度的大小为:FJ群体>BLS群体>JYS群体>XXL群体。(2)g.248.T>C位点关联分析结果表明:JYS种群的CD基因型个体在56、72、90日龄的体重及35-56日龄平均日增重显著高于CC基因型个体(0.01<P<0.05),在JYS种群中D D基因型个体的围均值显著高于CD基因型(P<0.05),XXL种群中CC基因型个体的体长和体重显著低于DD基因型(P<0.05),DD基因型个体的胸围均值显著低于C D基因型(P<0.05)。FJ种群中DD基因型个体的体重极显著高于CC基因型个体(P<0.05);BLS种群中DD基因型个体的体重均值极显著高于CC基因型和CD基因型(P<0.01),CC基因型个体的胸围显著高于DD基因型(P<0.05),CC基因型个体的体长显著低于DD基因型(P<0.05)。(3)在外显子2上检测一个可用突变位点g.655.G>A,表现出3种基因型EE、EF和FF;遗传结构分析结果表明:JYS和BLS种群属于中度多态(0.25<PIC<0.5),XXL种群属于高度多态(PIC>0.5),FJ种群属于低度多态(PIC<0.25)。该位点中的杂合度大小:JYS种群>FJ种群>BLS种群>XXL种群。(4)g.655.G>A位点的关联分析结果表明:EE基因型个体在56、72、90日龄的体重及35-56日龄平均日增重显著高于EE基因型个体(0.01<P<0.05);JYS种群和X XL种群中EF基因型个体的体重显著高于FF基因型(P<0.05),FF基因型个体的胸围显著低于EE基因型和EF基因型(P<0.05);FJ种群的EE基因型个体的体重极显著高于EF基因型和FF基因型个体(P<0.01);BLS种群的EE基因型个体的体长显著高于EF基因型和FF基因型(P<0.05),EE基因型个体的胸围显著高于FF基因型(P<0.05)。3、关于在GH基因的研究结果:(1)在外显子2上筛选出2个突变位点,一个为g.226.A>C,显示出CC、CT、TT 3种基因型,另外一个为g.554.G>A,显示出M M、MN、NN3种基因型;(2)遗传结构分析结果表明:GH基因第2外显子g.226A>C位点上,XXL和BLS种群属于高度多态(PIC>0.5),JYS和FJ属于中度多态(0.25<PIC<0.5);该位点之间遗传杂合度的大小为:FJ种群>XXL种群>JYS种群>BLS种群;g.554.G>A位点,只有XXL种群处于高度多态(PIC>0.5),JYS和BLS种群均处于中度多态(0.25<PIC<0.5),但FJ种群的属于低度多态(P<0.25)。(3)关联分析结果表明:g.226.A>C位点在JYS中,CT基因型个体在42日龄的体重显著高于C C基因型个体,TT基因型个体的体重在56、72、90日龄的体重显著高于CC基因型个体(P<0.05),TT基因型个体在35-56日龄平均日增重极显著高于CC基因型和CT基因型个体(P<0.01)。g.554.G>A位点在JYS中NN基因型个体42日龄的体重显著高于MM基因型个体,MN基因型个体在56、72、90日龄体重及35-56日龄平均日增重显著高于MM基因型。
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