论文部分内容阅读
猪圆环病毒Ⅱ型(Porcine circovirus type 2,PCV2)所引起的疾病是当今养猪业中严重关切的重大传染病之一。它能造成猪的生长缓慢,饲料报酬降低,同时侵害猪的免疫系统,导致机体的免疫力下降,引起其他疾病的大爆发,给世界各国养猪业的发展造成了严重威胁和巨大的经济损失。PCV2已经在世界范围内广泛存在,现在认为它不仅可以引起断奶仔猪多系统衰竭综合征(PMWS),还与猪皮炎肾病综合征(PDNS)、猪呼吸道疾病综合征(PRDC)、猪先天性震颤(CT)等疾病密切相关。PCV2的长度有1767bp和1768bp两种,据研究报道,ORF1编码的Rep蛋白与病毒的复制有关,ORF2编码的Cap蛋白是PCV2衣壳的主要成分,具有较好的免疫原性,因此对ORF2的研究已经成为热点。本试验从福州郊区某大型猪场的病猪中采集病料,运用PCR方法对PCV2进行DNA检测;并进而进行全基因序列的扩增和分子结构特征的分析。本分离株经过测序得到,其基因组长度为1767bp,共有11个开放阅读框。其中ORF1有945个碱基,编码314个氨基酸,存在3个糖基化位点(23～25a(aNPS)、256～258aa(NQT)、286～288aa(NAT));ORF2的长度为705bp,编码233个氨基酸,只有一个糖基化位点(143～145aa)。对ORF1和ORF2编码氨基酸的二级结构预测中显示:ORF1的H:α-螺旋,E:β-折叠,空格:其它或无规卷曲各占的比例为24.2%、20.38%、55.41%;ORF2中相对应的比例为6.41%、31.20%、62.39%。同时也预测了ORF2的亲水性和抗原表位,结果表明ORF2表达的蛋白在N端的10左右显示出高度亲水性。其所编码的氨基酸在3～18位、32～43位、84～87位、113～118位、176～181位、227～231位可能存在抗原表位。用DNAstar分析比较了福州分离株与国内外分离株之间的同源性,其结果显示同源性为94.3%～99.8%。经过与国内外毒株的进化发育树的绘制可知,福州分离株和龙岩分离株及其他各株之间的亲缘关系较远,独立在一个分支上,而全部的毒株在地域上没有明显的分布。在对本分离株的两个主要开放阅读框(ORF1、ORF2)进行核苷酸序列以及推导的氨基酸序列分析时可得,福州分离株与加拿大代表株以及省内3个毒株的ORF1核苷酸序列的同源性为97%～99.5%;氨基酸的同源性为97.8%～99%。ORF2核苷酸序列的同源性为91.3%～99.7%;氨基酸的同源性为92.3%～98.7%。由此可知,ORF2的变异大于ORF1。