近几年来,大量的增值税虚开发票的刑事案件中涉及到医药制造企业,国家税务总局和各地方税务机关每年公布的十大虚开案件中几乎都有医药企业的存在。并且,2018年医药制造行业全面实行两票制,在新的改革政策下要求医药制造企业在进行票据管理时要做到单、票、货、账、款“五统一”的较高管理要求,以达到保障医药企业生产交易的真实性从而可以避免虚开发票行为的出现。两票制改革过程中,是以压缩药品流通和降低药品价格为目的。但是,在两票制改革初期的实施过程中,存在许多医药企业由于较高成本、传统观念和技术不达标等原因不能很好地达到两票制的要求因此会造成巨大的发票风险。医药企业虚开增值税专用发票除去常见的虚开情况之外,也由两票制前低开返点到两票制后利用CSO高开虚抵转变,虽然金税三期工程的上线和升级给伪CSO带来了很大的震慑,但是在实际经营过程中仍然存在一些问题。本文就是通过一个医药制造企业的虚开案例和目前对两票制政策的解读,分析了医药制造企业虚开增值税专用发票的问题。本文首先从税收遵从理论和信用理论、国内增值税制度的状况和前人的研究成果进行综述。并通过中国增值税的特殊性和增值税专用发票的特殊功能结合医药制造企业的两票制改革和金税三期工程升级,引出虚开增值税专用发票在医药企业中的典型性进行分析。增值税专用发票是我国增值税的特点,在西方发达国家没有以票控税的形式,也缺乏相关研究。本文在关于医药企业虚开专票的实证研究中,利用四川省乐山市健康药业有限公司虚开案作为案例研究进行分析,分析表明现行的政策存在漏洞被不法分子所利用,如何堵住漏洞和更好的践行医药行业的两票制改革值得我们深思。