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异育银鲫（Carassius auratus gibelio）养殖产业深受鲤疱疹病毒Ⅱ型（Cyprinid herpesvirus 2,CyHV-2）的影响。截至目前,异育银鲫与CyHV-2相互作用的分子机制仍然未知。鱼类细胞为鱼类病毒的研究提供良好的操作平台。miRNA,mRNA和蛋白质的互作分析,为进一步探究病毒与宿主的作用关系提供了新的视角。本文从宿主（GiCF）的角度出发,探究CyHV-2侵染异育银鲫尾鳍细胞（GiCF）不同时间,GiCF的miRNA、mRNA和蛋白质的差异表达状况,为研究GiCF免疫调控网络及CyHV-2侵染与致病机理提供线索。基于以上陈述,已取得的研究成果如下:（1）内参基因的稳定性筛选本实验筛选异育银鲫的内参基因,为下一章的高通量测序结果的准确性提供保障。内参基因理论上是在不同条件下都保持相对稳定的水平。然而不同条件下,都稳定表达的基因几乎是不存在的。因此,为了提高定量PCR结果的准确性,筛选不同处理条件下的内参基因是必不可少的。经在线软件ge Norm、Norm Finder、Best Keeper和Delta Ct的排序结合Ct值以及ge Norm稳定值的分析,最终结果显示β-actin和EF-1α可作为健康异育银鲫不同组织中的内参基因;CyHV-2感染肾脏和GiCF不同时间,β-actin为其内参基因;CyHV-2感染脾脏组织不同时间,EF-1α稳定性最佳。异育银鲫肾脏组织不同感染时间PIN1的表达分析也进一步证实了其内参基因的准确性。（2）miRNA和mRNA的联合分析利用Illuminc Hiscq 4000测序平台构建了对照组（A1,A2,A3）,感染48 h组（B1,B2,B3）和感染96 h组（C1,C2,C3）的9个sRNA文库和mRNA文库。mRNA文库获得781844440 Clean reads,经Trinity拼接获得了292228条平均长度约为736.65的unigene。sRNA文库总计获得27,014,779 Clean reads,与miRNABase中所有动物的miRNA进行比对,总共鉴定出1046个成熟的miRNA（Known miRNA 409种,Novel miRNA 631种）。Known miRNA中有28个miRNA参与20种免疫相关通路。与鲁建飞2018年发现的异育银鲫肾脏组织水平miRNA测序结果进行比对,7个miRNA在体内和体外同时具有显著性差异（参考鲁建飞文章设置差异筛选条件,P<0.01）。为了尽可能获得差异较显著的miRNA,我们设置更为精确的差异筛选条件:|log2FC|>1,TPM>10,P<0.01。对Known miRNA进行差异表达分析,通过RT-q PCR最终筛选验证了7个显著差异表达miRNA（5个下调和2个上调）,绘制了miRNA及其靶向mRNA的相互作用网络图,并验证其中参与免疫相关通路的6个潜在mRNA靶标。这些受调控的miRNA的靶标预测和功能分析表明:受CyHV-2侵染的影响,宿主（GiCF细胞）水平差异表达miRNA参与PPAR信号通路,p53信号通路和Fox O信号通路。（3）mRNA转录组和蛋白组的联合分析为进一步探究CyHV-2侵染GiCF的分子机制以及宿主相应的免疫机理,本章通过转录组测序技术和TMT标记定量蛋白质组学技术,筛选经CyHV-2侵染48 h和96 h后GiCF细胞水平差异表达的基因和蛋白。结果表明:与对照组相比,CyHV-2侵染GiCF细胞48 h有11335个差异表达mRNA;CyHV-2侵染GiCF细胞96 h有19421差异表达mRNA。蛋白质组学分析显示:总计鉴定出9008个蛋白质。与对照组相比,CyHV-2侵染GiCF细胞48 h有169个差异蛋白;CyHV-2侵染GiCF细胞96 h有502个差异蛋白。转录组和蛋白组联合分析结果表明:与对照组相比,在CyHV-2侵染GiCF细胞48 h和96 h分别有10和158个差异共表达基因（c DEGs）。其中GNG7,Casease8的差异共表达显著上调,HSP90A,CD140,RRM2,THBS1,BTF3,RAB7A和CNTFR的差异共表达显著下调,这表明CyHV-2感染后,PI3k-AKT,凋亡和代谢途径被激活,吞噬和JAK-STAT传导途径被抑制。QPCR结果进一步显示这些条信号通路中相关基因在CyHV-2感染后不同时间变化趋势和蛋白的变化趋势一致。