内蒙古白绒山羊是绒肉兼用型的优良畜种,是我国宝贵的种质遗传资源。因此,研究其绒毛生长发育机理、探寻与绒品质相关的候选基因具有重要意义。为揭示绒山羊毛被异质性产生的机理,本试验从表型组和转录组层面对内蒙古白绒山羊皮肤四个部位的绒毛进行了初步分析,选取了体重相近、体况较好、身体健康的母羊个体,分别于体侧部、背部、腹部、颈部采集绒毛样品和毛囊样品进行羊绒细度性状的测定和RNA的提取,进一步利用方差分析发现不同部位羊绒细度性状的差异显著性,同时对3只个体四个部位的12个样本进行转录组测序,生物信息学分析筛选不同部位羊绒异质性的差异基因,最后选择3个候选基因进行q RT-PCR验证。主要试验结果如下:1.试验采集了45只绒山羊体侧部、背部、腹部、颈部共180个记录值,剔除特异值后进行方差分析。结果发现不同部位羊绒纤维直径差异极显著（P＜0.01）,然而绒纤维直径的变异系数均差异不显著（P＞0.05）。多重比较结果显示颈部和背部羊绒最细,腹部最粗,这说明不同部位绒毛性状确实存在差异。2.对四个部位共12个毛囊样品进行转录组测序分析,依据Padj＜0.05＆log2（Fold Change）|＞0的筛选标准,得到6组共有23个差异基因,其中下基因21个,上调基因2个。进一步对转录本进行基因预测,发现FOSB、KRT14、CA12、RASD1、CDSN、WNT4、AQP5、CAPN5、MAPRE2、ASAP1和MATN2等基因可能是影响内蒙古白绒山羊皮肤部位羊绒异质性的候选基因。GO功能基因富集分析显示差异基因主要参与的生物过程有Notch信号通路、ERBB调控、表皮生长因子信号传导、含酚化合物代谢过程、表皮生长因子受体信号等。KEGG通路富集结果表明差异基因主要与雌激素信号通路、核糖体松弛素信号通路有关。3.采用q RT-PCR技术对绒山羊皮肤不同部位羊绒异质性的差异基因AQP5、MATN2、CA12进行验证。结果显示各基因在体侧部、背部、腹部、颈部的相对表达量均存在显著差异,在腹部的相对表达量均最高,且显著高于其它部位。MATN2和CA12基因的相对表达量在四个部位的变化规律一致,表现为腹部＞体侧部＞颈部＞背部,与表型的变化规律一致,说明其可能是绒山羊不同部位绒毛异质性的候选基因。