【摘 要】
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宽鳍鱲（Zacco platypus）是一种小型鲤科（Cyprinidae）鱼类,大多分布于山区溪流中。近年来,随着我国经济的快速发展,水生态环境受到破坏,野生宽鳍鱲的资源量正在逐渐减少。为了加强宽鳍鱲种质资源的保护和管理,亟需对其群体遗传多样性和遗传结构进行评估。因此,本研究利用微卫星标记和mt DNA Cytb对宽鳍鱲的遗传多样性和遗传结构进行评价,为保护和利用其自然资源提供参考资料。主要结果
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宽鳍鱲（Zacco platypus）是一种小型鲤科（Cyprinidae）鱼类,大多分布于山区溪流中。近年来,随着我国经济的快速发展,水生态环境受到破坏,野生宽鳍鱲的资源量正在逐渐减少。为了加强宽鳍鱲种质资源的保护和管理,亟需对其群体遗传多样性和遗传结构进行评估。因此,本研究利用微卫星标记和mt DNA Cytb对宽鳍鱲的遗传多样性和遗传结构进行评价,为保护和利用其自然资源提供参考资料。主要结果如下:1、宽鳍鱲微卫星引物开发及其群体遗传学分析（1）本研究首先通过RAD-seq技术快速获取了双端含有100 bp序列的微卫星数目41018个,其中能设计引物的微卫星数目为15226个,微卫星片段的引物设计率为37.12%,其中四碱基微卫星位点占31.11%。基于四碱基微卫星位点开发了37个微卫星标记,并在两个宽鳍鱲群体中进行扩增,有14个位点扩增出来,其中11个位点呈多态性。本研究所获取的微卫星标记可作为宽鳍鱲群体遗传学可靠的分子标记。（2）基于开发的11个具有多态性的微卫星位点,对武陵山西部山区和神农架林区共7个野生宽鳍鱲群体开展群体遗传学研究。结果表明:各群体的等位基因（NA）的变化范围为33（务川）～55（习水）,平均值为27.09;各群体的Shannon’s信息指数（I）变化范围为0.630（南川）～0.804（江口2）,平均值为0.716;各群体的观测杂合度（HO）变化范围为0.182（习水）～0.413（务川）,平均值为0.332;各群体的期望杂合度（HE）变化范围为0.343（习水）～0.420（江口2）,平均值为0.364;各群体的多态位点百分率（PPL）变化范围72.73%（江口1/赤水）～100%（务川）,平均值为83.12%,7个宽鳍鱲群体的遗传多样性水平较低。两两群体之间的遗传分化指数(FST)变化范围为0.052（江口1/神农架）～0.567（南川/神农架）,Nei’s无偏遗传距离范围为0.041（江口1/江口2）～1.665（江口1/务川）。同时有3个宽鳍鱲群体（习水、务川和神农架）群体经过二阶突变模型（TPM）检测后发现存在“遗传瓶颈”。基于Nei’s无偏遗传距离构建UPGMA树和PCo A结果分析显示来自武陵山西部山区和神农架林区的7个宽鳍鱲群体聚为2支,其中务川、赤水、习水和南川4个群体聚为一支;江口1和江口2群体先聚在一起,然后与神农架群体聚为另一支。分子方差分析（AMOVA）表明,7个群体间存在极显著的遗传分化(FST=0.459,P＜0.01),两个组群（江口1/江口2/神农架群体,务川/赤水/习水/南川群体）之间存在显著遗传分化(FCT=0.206,P＜0.05)。Structure的聚类分析结果显示宽鳍鱲7个地理群体分为2个最佳遗传谱系。2、基于mtDNA Cytb的宽鳍鱲群体遗传学分析利用mtDNA Cytb序列分析了武陵山西部山区、神农架林区宽鳍鱲7个群体的遗传多样性、遗传结构和群体历史动态。结果表明,整体上7个群体的单倍型多样性（Hd）为0.909、核苷酸多样性（π）为0.0377、核苷酸差异（K）为38.496。基于邻接法构建Cytb单倍型系统发育树结果显示7个群体聚为3个遗传分支,分支Ⅰ为务川、赤水、习水和南川群体,分支Ⅱ为神农架群体,分支Ⅲ为江口1和江口2群体。两两群体间的K2P遗传距离和FST变化范围分别为0.0015（江口1/江口2）～0.0726（神农架/江口1）和0.1200（江口1/习水）～0.9819（南川/江口1）。AMOVA分析表明,7个群体间遗传分化极显著（P＜0.01）,不同的遗传分支之间也存在显著遗传分化（P＜0.05）。错配分布和中性检验表明,整体水平上7个宽鳍鱲群体未经历过群体扩张。
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