UVC辐照CD4细胞lncRNA-mRNA表达变化及关联分析

来源 :大连海事大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:liyongdede
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长链非编码RNA(lncRNA)是一类长度大于200个核苷酸的非编码RNA,在转录及转录后水平影响基因的表达,但在辐射诱导的DNA损伤反应中调控哪些基因或信号通路尚不清楚。肿瘤抑制基因p53可以响应DNA损伤,调控下游基因的转录和翻译,p53信号通路关键基因能够作为辐射生物剂量计。本研究前期利用紫外辐射(UVC)处理人淋巴细胞(CD4细胞),发现UVC在最适剂量(4-64 J/m2)范围内能够造成DNA损伤。本研究通过UVC辐照CD4细胞进行lncRNA-mRNA的表达变化及关联分析,探讨lncRNA与p53信号通路相关基因的调控关系,以揭示lncRNA在DNA损伤反应中可能发挥的作用及调控机制。在本研究中,用UVC辐照CD4细胞,24小时后首先对UVC辐射后的细胞内活性氧(ROS)进行检测来分析氧化应激水平,结果发现UVC能够显著地增加内源性ROS的产生,在UVC(4-32 J/m2)剂量范围内具有剂量依赖性关系。其次,通过微阵列分析基因表达谱和lncRNA表达谱,发现随着UVC辐射剂量增加,差异表达的mRNA和lncRNA数量增多。利用Stem分析基因和lncRNA表达变化的趋势,显示有1372个基因和133个lncRNA表达显著性降低,729个基因和797个lncRNA表达显著性升高,实时定量PCR结果验证了部分mRNA和lncRNA的表达变化与芯片结果一致。用回归分析方法发现在UVC(4-32 J/m2)剂量范围内与p53信号通路相关基因PLK2、ISCU、LCE1F、TRIAP1的表达呈现幂或指数变化趋势。对低剂量(4,8 J/m2)和高剂量(16,32,64 J/m2)分组分析,发现低剂量组和高剂量组分别有159和788个基因共同发生表达变化,后续利用MetaCore数据库针对这些基因进行p53调控网络分析,显示有38个基因在高低剂量组中都受到p53的调控。利用lncRNA Disease数据库对表达升高的lncRNA进行筛选发现有 4 个 lncRNA(TP53TG1,LINC00115,GAS6-AS1,TERC)与人类疾病,尤其是癌症相关。对最相关前200位lncRNA-mRNA共表达分析显示p53信号通路在低剂量组中是最相关的信号通路。利用Cytoscape软件分析lncRNA-mRNA之间的调控关系,显示一个lncRNA存在多个有正调控和负调控关系的mRNA。进一步lncRNA-mRNA关联分析发现LOC338799等13个lncRNA最有可能参与p53信号通路的调控。综上,lncRNAs在响应UVC诱导的DNA损伤时发生差异表达变化,有可能通过p53信号通路发挥作用,本研究为将来筛选lncRNA作为新的辐射生物剂量计提供了重要的实验依据。
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