改革开放以来,随着我国经济的崛起,水上交通运输行业日益发展壮大,在为我国带来可观的经济效益的同时,水上交通事故也相伴而生。起先,因受复杂的水域环境影响,水上交通事故的发生多源于船员外的自然因素。然而,近些年来,随着科技的进步,水上安全保障设备不断研发、投入使用,因自然原因导致的事故在不断减少,反而人为因素所致的水上交通事故日益频发,严重威胁到我国水上交通运输安全。然而,我国现行法律体系是生成于内陆传统文化和社会生活模式之下的,刑法这一部门法对水上交通运输安全关注过少,加上各方对水上交通肇事行为危害性认识不足,船员入刑阻力大,故并未就严重的水上交通肇事行为提出具体的刑法应对方案,导致水上交通事故的刑事责任追究偏少,大多通过民事、行政手段定纷止争。偶有行为人因水上交通肇事行为被处以刑罚,也主要依据刑法第133条交通肇事罪的规定处理。尽管现行刑法已有规制水上交通肇事行为的基础,但交通肇事罪在立法之初就主要聚焦在道路交通运输上,其具体的定罪量刑标准是依据道路交通运输特性而设,这点可以从《关于审理交通肇事刑事案件具体应用法律若干问题的解释》中一窥究竟。由于没有考虑到水路与道路交通运输的差异性,实践中仍然有人对水上交通肇事刑事案件适用交通肇事罪产生争议。抛却争议,司法实务中,水上交通肇事刑事案件的处理也面临诸多困惑,比如,犯罪主体范围如何划定,水上交通肇事致人失踪、水域环境污染如何定性及量刑等等,这些都亟需立法和司法的回应。本文认为,水上交通肇事行为具有严重的法益侵害性,需要刑法的积极应对,应当抛弃以往的船员职业的高风险性而不宜入刑的观念,就包括船员在内的业务过失犯罪纳入刑法惩治的范畴。具体来说,即修正刑法第133条关于交通肇事罪的规定,扩展其构成要件,特别是要扩展它的结果要件,将致人失踪作为水上交通肇事犯罪的法定结果之一,以实现水上交通肇事致人失踪无刑法评价的尴尬,同时,根据水上交通肇事的特点,单独出台水上交通肇事行为的定罪量刑标准,其中,需要适当提高水上交通事故中人员伤亡和财产损失入罪标准,并将人员失踪和水域环境污染损害纳入标准的制定,并具体量化两者的标准,以此解决司法实践中该类案件的法律适用疑难,达到刑法预防犯罪的功能,促进和保障水上交通运输行业的健康发展。