物种形成和种群分化的研究对于理解物种的形成机制以及生物多样性保护具有重要意义。祁连裸鲤（Gymnocypris chilianensis）、黄河裸裂尻鱼（Schizopygopsis pylzovi）和嘉陵裸裂尻鱼（Schizopygopsis kialingensis）同隶属于裂腹鱼亚科,并在甘肃省境内三大水系中广泛分布。前期研究表明,这三个物种间的系统发育关系至今仍存在较大争议,并且对不同地理种群遗传分化的研究开展较少。本文扩大采样范围基于线粒体Cyt b分子标记对三种裂腹鱼的物种分化和地理种群分化进行了研究,同时利用稳定同位素技术,对三种裂腹鱼的营养生态位分化情况进行研究。最后,针对群落物种组成以及群落结构的形成机制这一生态学研究的热点问题,本文对甘肃省三条内陆河的鱼类群落结构及其构建机制进行探究。研究结果分述如下:1.于甘肃省境内长江水系、黄河水系和内陆河水系共8个采样点,采集裂腹鱼亚科3种鱼类--祁连裸鲤,黄河裸裂尻鱼和嘉陵裸裂尻鱼样本共294尾。以线粒体Cyt b基因为分子标记,对3种裂腹鱼的系统发育关系进行分析,并对不同地理种群的遗传多样性现状与遗传分化情况进行研究。基于NJ和BI法构建的单倍型分子系统发育树结果发现,黄河裸裂尻鱼构成单系,且具有较高支持率;而嘉陵裸裂尻鱼位于祁连裸鲤的分支内部,这可能是由于这两个物种处于物种分化的早期阶段,嘉陵裸裂尻鱼起源于祁连裸鲤的某一种群,在嘉陵裸裂尻鱼独立成种后,剩下的祁连裸鲤不构成单系而是形成并系类群。2.遗传多样性分析结果显示,70尾黄河裸裂尻鱼的Cyt b基因共检测出23个单倍型,单倍型多样性及核苷酸多样性分别为0.917和0.003 10;132尾祁连裸鲤的Cyt b基因共检测出28个单倍型,单倍型多样性及核苷酸多样性分别为0.819和0.00982;92尾嘉陵裸裂尻鱼的Cyt b基因共检测出13个单倍型,单倍型多样性及核苷酸多样性分别为0.706和0.002 33。种群遗传分化研究结果表明,这3种裂腹鱼同一物种的不同地理种群间均存在显著的遗传分化,该结果揭示了地理隔离对3种裂腹鱼有显著的阻隔影响,对整体的分化适应有重要作用,因此在资源保护管理中应当作为不同的单元分别加以对待。3.于甘肃省境内长江水系、黄河水系和内陆河水系共8个采样点,采集裂腹鱼亚科3种鱼类--祁连裸鲤,黄河裸裂尻鱼和嘉陵裸裂尻鱼样本,同时补充同域分布的其他几种裂腹鱼青海湖裸鲤（Gymnocypris przewalskii）、花斑裸鲤（Gymnocypris eckloni）和厚唇裸重唇鱼（Gymnodiptychus pachycheilus）,利用稳定同位素技术对甘肃省裂腹鱼类的营养生态位分化情况进行分析。结果表明:祁连裸鲤δ¹³C、δ¹⁵N稳定同位素值及营养级均最高;而黄河裸裂尻鱼、祁连裸鲤和嘉陵裸裂尻鱼三个物种稳定同位素值的范围相对广泛;黄河裸裂尻鱼与祁连裸鲤和厚唇裸重唇鱼基础营养生态位存在较大重叠。几种裂腹鱼不同采样点的稳定同位素特征值均存在空间差异,各物种不同地理种群营养生态位不存在重叠或仅存在较少重叠。几个采样点同域分布的物种间相互关系表现形式不同,黄羊河同域分布物种间存在较大的营养生态位重叠,物种间竞争激烈;而石门水库同域分布的物种间无营养生态位重叠,推测竞争致使物种间营养生态位出现分化。最后,对各物种遗传距离与稳定同位素特征进行相关性检验,结果表明几种裂腹鱼类的营养生态位不受系统发育保守性的限制。4.以甘肃省三条内流河（疏勒河、黑河、石羊河）为研究对象,采用系统发育群落结构分析的方法探讨鱼类群落的构建机制。结果表明10个采样点中3个采样点鱼类群落系统发育结构表现为聚集即环境过滤作用的建群机制,其中2个采样点表现为高寒环境过滤作用,1个采样点为人为干扰形成的水库,作为一种特殊环境过滤作用;除1个采样点仅采集到1个物种,无群落系统发育结构外,其余6个采样点鱼类群落系统发育结构发散,物种间竞争作用主导群落构建。本文还讨论了不同建群机制地点的鱼类保护问题,建议在环境过滤作用的地点要注意环境的保护,在竞争作用的地点要防止外来种引入,从而维持鱼类群落的稳定性。