随着生物、化学和计算机技术的飞速发展，人类获取的化合物数量也与日俱增，传统的药物发现方法逐渐被合理药物设计所替代，计算机辅助药物设计是最广泛使用的合理药物设计方法，其中，虚拟筛选是计算机辅助药物设计最核心的方法之一。虚拟筛选可分为基于受体虚拟筛选和基于配体虚拟筛选两种方法。当靶标蛋白结构未知的情况下，采用基于配体的虚拟筛选方法对化合物数据库进行筛选，目的是获得更好活性、新结构的先导化合物。最常用的基于配体虚拟筛选方法包括基于药效团模型和基于定量构效关系筛选方法，两者各有其适用范围及优缺点。在近年来的实际应用中，将多种虚拟筛选方法合理组合使用获得了较多的成功，因而成为虚拟筛选研究的主要方向。尽管目前已有一些大型的计算机辅助药物设计商业软件平台，这些平台可以提供组合的虚拟筛选流程定制服务，但是这些商业软件平台一般都极其昂贵。本文研究开发了集成的基于配体虚拟筛选软件平台，该平台基于分子视图软件VMD提供的开发接口，建立了一个基于配体虚拟筛选的插件，采用TCL语言编写。插件结合了VMD的分子可视化功能，可以执行分子格式转换、药效团识别、药效团筛选、定量构效关系筛选等一系列任务。使用者可根据需要进行基于药效团模型虚拟筛选，基于定量构效关系模型虚拟筛选，或者两者结合进行虚拟筛选。实验结果验证了平台的有效性。同时，作为一个开放的软件平台框架，该平台可以结合更多其他开源软件创建新的应用，具有很好的可扩展性。