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本研究采用线粒体细胞色素c氧化酶亚基I（COI）、16S rRNA基因和12S rRNA基因分析方法，对我国黄河流域山西临汾（LF）、河南新乡（XX）和山东济南（JN）三个泥鳅群体的遗传多样性和遗传结构进行了初步的探讨，主要研究结果如下：1.基于线粒体COI基因对三个泥鳅群体的遗传多样性和种群结构进行了研究。PCR产物纯化后与T载体连接，之后克隆、测序，经过比对后得到668bp的COI同源片段，29个样品的线粒体COI基因片段共检测到71个变异位点，15个单倍型，T、C、A、G碱基平均含量分别为32.5%、26.5%、22.8%和18.2%。总群体单倍型多样性指数（H）0.892，核苷酸多样性指数（Pi）0.01464，平均核苷酸差异数（K）9.749；总群体平均遗传距离0.016，群体内的遗传距离为0.003-0.038，群体间的遗传距离为0.004-0.024，临汾群体的种间种内距离为0.23-0.38，达到了种的分化水平。群体之间分化系数（Fst）在0.12303-0.14197之间，基因流Nm均大于1小于4，达到了中度分化水平；分子方差（AMOVA）（Fst=0.13146，p<0.01）表明遗传变异主要来自群体内部，群体间有了明显的遗传分化；UPMGA聚类分子系统树和单倍型网络关系图没有表现出地理区域性。另外还检测到Hap-11和Hap-13与其他单倍型之间(Fst=0.96110，p<0.01)可能达到了种的分化。Fu’Fst检验统计值介于-2.48514-3.82651，除了新乡群体显著(p<0.05)，其他群体均不显著(p>0.1）；Tajima’s D检验统计值为-1.53425-0.14201，统计检验P均值为不显著（p>0.05）符合中性突变。2.基于16S rRNA基因的多样性分析：30个样本的16S rRNA基因片段进行PCR扩增和测定后，得到长度为509bp的同源序列。共检测到16个变异位点，16个单倍型，T、C、A、G碱基平均含量为23.4%、22.9%、31.4%和22.3%；总群体单倍型多样性指数（H）0.906，核苷酸多样性指数（Pi）0.00402，平均核苷酸差异数（K）2.032，显示出较高的遗传多样性。遗传距离在0.005以内，没有达到种的分化；Fst在0.17942-0.38839之间，基因流Nm都小于4（0.78737-2.28676），AMOVA分析（Fst=0.28062，p<0.01）都说明3个泥鳅群体间有了较明显的遗传分化。UPMGA聚类分子系统树和单倍型网络关系图显示没有表现出地理区域性。Fu’Fst检验统计值介于-1.18527--3.87259，经检验济南群体为显著值（p﹤0.05），其它均为极显著（p<0.01），Tajima’s D检测值为-1.47797--0.69931，P值显示不显著，表明泥鳅种群可能经历过种群扩张事件。3.34个样品的线粒体12S rRNA基因片段进行PCR扩增和序列测定后，得到长度为399bp的同源序列。共检测到17个变异位点，13个单倍型，T、C、A、G碱基含平均量为22.6%、27.1%、30.4%和19.8%；总群体单倍型多样性指数（H）0.718，核苷酸多样性指数（Pi）0.0032，平均核苷酸差异数（K）1.273，显示出一定的遗传多样性。遗传距离显示未达到种的分化。群体之间分化系数在0.02093-0.16993之间，属于中轻度水平的分化，基因流Nm偏大，说明群体间交流相对充分。AMOVA分析（Fst=0.08027，p>0.05）显示分化不显著。Fu’Fst与Tajima’s D检验值均不显著偏离中性，符合中性突变。