儿童龋病是人类最常见的感染性疾病之一,但是在龋病发生过程中菌群结构变化规律仍不十分明确。在本实验中,利用454高通量焦磷酸测序方法,设计通用引物测序扩增16S rDNA基因V1-V3变异区进行测序分析,分析在龋病不同阶段菌群结构的变化。对符合WHO取样标准的30名无龋儿童(HH,下同)和30名有龋儿童的龈上菌斑进行取样,其中有龋病儿童分别取健康牙面(CI,下同),白斑表面(CW,下同)的菌斑和深龋牙本质(CC,下同)。测序后总计得到572773条序列和25444个单一序列,经鉴定细菌来源18个门的145个属。研究结果显示来自HH组的菌斑多样性较高,而龋病儿童口腔中的菌群多样性明显下降,其中深龋牙本质的菌群多样性最低。21个属的细菌包括Neisseria, Rothia, Aestuariimicrobium, Oribacterium等与维持健康口腔微生态相关。龋病不同阶段的菌群组成成分存在显著差异,15个属的细菌包括Streptococcus Lactobacillus, Megasphaera, Olsenella等在深龋牙本质显著增加,而在白斑阶段Actinomyces, Streptococcus等9个属的细菌含量增加。我们的实验结果表明,龋病发展各阶段的菌群结构各不相同,多种菌属与龋病的发生可能存在正相关或负相关关系,龋病的发生不是一种或两种特异致龋菌引起的,而是多种细菌共同作用的结果,实验结果支持“生态菌斑学说”。