甲型流感病毒有引起严重流行病的历史,包括1918年西班牙流感、1976年在美国发生的人类流感、1988年的人畜互传流感、2009年流感大爆发及2015年的流感。病毒亚型的特性是突变成多种病原谱不同的菌株,最终在短时间内获得较高的适应度,病毒表面糖蛋白、血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)是所有流感蛋白中进化速度最快的。突变病毒中积累的氨基酸替换使病毒能够逃避免疫系统,这种氨基酸替换的积累过程可以导致表面糖蛋白的抗原改变,即抗原漂移或点突变。除了点突变外,基因重组在新出现病毒的进化中也发挥着重要作用。本课题拟通过测序获得2016年广州市流感病毒的基因组信息,以了解广州地区H1N1pdm病毒的变异情况和遗传进化情况,为广州地区A型(H1N1)流感后续的实验研究以及流感大流行的防控提供数据支持。目的:分离2016年广州市15株流感病毒,进行基因测序分析其变异情况,进行进化分析和选择压力分析,为后续病毒研究、了解病毒耐药性和致病性、寻找变异规律提供科学依据。方法:从患者咽拭子中提取病毒和RT-PCR方法对病毒进行鉴定,应用二代测序技术测定15个分离株的全基因组序列,通过MAGA6.0软件与参考株pdm2009(A/California/07/2009(H1N1))进行比对,分析氨基酸变异情况,并进行系统发育分析和选择压力分析,以揭示2016年广州H1N1pdm病毒的变化模式。结果:15个H1N1流感病毒分离株与参考株pdm2009(A/Califomia/07/2009(H1N1))进行比对发现,8个蛋白片段的变异程度不高,HA蛋白受体结合位点未发现变异;NA蛋白在与耐药性有关的氨基酸位点均未发现变异,表明对神经氨酸酶抑制剂药物敏感;未发现影响抗原性、病毒感染细胞能力和病毒基因组的复制和转录有关的变异。进化树分析表明:以HA基因为靶基因,本研究所分离的病毒株独立于全球流行的H1N1pdm病毒的7个分枝。病毒进化过程中,分别形成两个谱系进行,二者之间无重组现象;选择压力分析显示H1N1pdm病毒主要表面蛋白中有6个阳性选择位点。结论:2016年广州市H1N1流感病毒引起的为轻症感染;病毒抗原表位未发生变异,无新的耐药病毒株出现,未发现强致病力毒株;以HA基因为靶基因,本研究所分离的病毒株独立于全球流行的H1N1pdm病毒的7个分枝。病毒进化过程中,分别形成两个谱系进行,二者之间无重组现象;H1N1pdm病毒6个蛋白位点在病毒进化过程中经历了阳性选择。广州流行的H1N1pdm病毒在不断进化,需要持续监测H1N1pdm病毒,预防该病毒的流行。