随着经济的发展,人们更加关注自身的健康水平,用于医疗保健方面的开销也随之增加,医药行业的发展速度加快,尤其是近些年,政府用于医疗领域的支出不断增加,同时出台了一系列优惠政策鼓励医药行业的发展。中国社会老龄化程度不断增加,患病人群也随之增长,上述种种原因都使得医药行业空前发展,为国家税收收入做出了巨大贡献的同时,也存在着许多深层的问题,如取得虚开发票多抵进项,零售业务不开具发票隐瞒收入等,税务稽查是保证税款及时足额入库的最后一道防线,但是目前的征管制度还存在漏洞,给了纳税人偷逃税的空间,通过对医药行业的税务稽查,不仅可以保证国家的税款征收,还有利于促进医药行业的良性发展。本文以一家大型医药制造公司为例,首先对该公司的基本情况进行介绍,分析制药企业特点,测算公司增值税税负率,发现明显低于行业水平,之后收集数据分析该公司存在问题和疑点,然后确定稽查方向和具体方法。在接下来的具体检查过程中,分税种分项目进行了具体的阐述,包括发现的问题、该公司的解释以及检查小组的认定结果,文章还对检查实施过程中可能出现的风险进行了分析,如检查过程中收集证据可能不真实的风险,以及判定检查结论时滥用自由裁量权的风险,并给出了防范风险的意见措施。最后分析总结医药制造企业的税务稽查方法,以及通过这个稽查案例带给我们的结论与启示。文章重点阐述了检查实施的具体过程,医药制造行业存在许多相似之处,通过对本案例的分析,总结归纳出相同企业的通用的稽查方法,为今后医药行业的税务稽查提供参考,提高该行业的税收遵从度。