肠道病毒71型(Enterovirus71，EV71)是小核糖核酸病毒科肠道病毒属，单链的小RNA肠道病毒，其感染性强且致病率高，对中枢神经系统的侵害尤其严重。近年来，EV71引起社会各界的关注是因为发现该病毒是儿童手足口病(HFMD)的主要病原体之一，特别是导致6岁以下儿童重症手足口病（HFMD）的发生。据统计，目前手足口病90%以上的重症病例是由EV71引起，患儿除了有HFMD的典型症状外，还有高达11．1％和0．6％的感染者患有无菌性脑膜炎、脑炎的中枢神经系统疾病，且病程进展迅速，导致近年来死亡率都高于25/1000。EV71的爆发流行严重危害我国儿童的身体健康，给广大民众带来极大的心理恐慌。现阶段国内外尚未研制出针对EV71的疫苗、特异性治疗药物，对于控制HFMD的发生主要依靠对低幼龄儿童进行宣传教育，建立良好的卫生习惯，因此研究安全，高效，经济的疫苗迫在眉睫。本研究以EV71表位肽疫苗研究为着手点，通过比较29个国内流行株（来自福建，安徽阜阳，江苏，浙江等省份）C4型基因序列，以及28个NCBI基因库中收录的B型EV71异型毒株的基因序列，发现5个表位在不同血清型的病毒株中能保持很高的同源性。以日本脑炎的D蛋白为载体蛋白与上述5个表位以T-T-B和T-B-B的方式串联，一共设计构建了8种表位肽组合，并在原核表达系统中进行了高效表达。以原核表达的重组蛋白为抗原进行的免疫性试验，结果显示，上述8种组合均能在小鼠血清中的产生抗体；其中C，E，F，H四种组合能产生较高水平的抗体，达到本研究的设计目的，期望可为EV71新型疫苗设计提供理论基础，研制出有应用价值的EV71表位肽疫苗。