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锥栗(Castanea henryi)是我国南方重要的木本粮食树种。随着锥栗产业及种植面积的不断扩大,选育锥栗优良品种显得尤为重要。由于对锥栗疫病抗性的遗传基础研究比较薄弱,目前仍未选育出用于推广的高抗优良品种。本研究利用开发的转录组SSR标记对锥栗半同胞子代群体进行了遗传多样性及遗传结构分析,并对群体的栗疫病抗性及苗期性状进行了变异分析,开展了优良家系和优良单株的初步选择,并进行了转录组SSR分子标记和表型性状的关联分析,为进一步的良种选育提供参考。主要研究结果如下:1.以6个锥栗农家品种、3个板栗农家品种和3个日本栗栽培品种为材料,共设计合成108对转录组SSR引物进行扩增,。其中引物FAFUZLEST-7、FAFUZLEST-9、FAFUZLEST-11、FAFUZLEST-12、FAFUZLEST-18等5个引物的多态性条带百分比均为100%。2.利用18对转录组SSR引物对14个锥栗半同胞子代群体进行遗传多样性和遗传结构分析。检测出Shanon信息指数(I)的范围在1.037～1.287,平均有效等位基因数Ne=3.015,平均观测杂合度Ho=0.584,平均期望杂合度He=0.614,基因分化系数Fst=0.1253,基因流N_m=1.7458,AMOVA分析结果表明家系间变异仅占10%,而大部分的变异来源于家系内部。这些结果表明锥栗半同胞群体具有丰富的遗传多样性,群体间存在中等程度的遗传分化,基因交流程度较大,而且遗传变异主要是家系内部的遗传变异。将14个锥栗半同胞家系划分为2类。3.对14个锥栗半同胞家系进行栗疫病抗性及苗期性状的遗传分析,得到各个性状的平均变异系数(CV)为29.97%,说明家系间变异较为丰富。对各家系平均变异系数CV大小进行排序,排名前三的家系是大尖嘴、小尖嘴、红仔榛。另外,相关系数最高的2个性状分别是叶长与叶面积(R=0.931)、叶宽与叶面积(R=0.938)。对测定的12个表型性状进行聚类分析,将14个锥栗半同胞家系分为3大类。进行优良家系与优良单株的选择,筛选出抗病性最强的5个家系是:乌壳长芒、油桐仔、小尖嘴、黄榛、铁锥;生长性状最好的5个家系是双峰子、小尖嘴、牛角仔(中熟)、油桐仔、黄榛;油桐仔、小尖嘴、黄榛这3个家系的抗病能力和生长状况都较好。选出抗病性强且生长状况好的优良单株7株,分别是8-10、2-23、7-26、11-29、14-31、12-29、2-19。对选出的7个优良单株进行父本鉴定,鉴定出子代2-19的父本为处暑红,子代2-23的父本为乌壳长芒,子代7-26的父本为铁锥,子代8-10的父本为处暑红,子代11-29的父本为油榛,子代12-29的父本为中尖嘴,子代14-31的父本为牛角仔(晚熟)。4.利用18对转录组SSR分子标记对锥栗的表型性状进行关联分析,一般线性模型(GLM)得出15个位点和10个表型性状之间有显著关联,混合线性模型(MLM)得出10个位点和11个表型性状之间有显著关联,FAFUZLEST-15位点与感病率的变异贡献率高达为95.53%。