章鱼胺和酪胺受体的分子模拟

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章鱼胺(octopamine,OA)和酪胺(tyramine,TA)是一类广泛存在于无脊椎动物体内的重要生物胺,发挥着重要的生理功能。它们的对于无脊椎动物的生理功能相当于去甲肾上腺素和肾上腺素对于脊椎动物的生理功能。章鱼胺受体(OA receptors,OARs)和酪胺受体(TA receptors,TARs)均属于G蛋白偶联受体(G-protein-coupled receptors,GPCRs)。由于无脊椎动物体内广泛存在该类受体,而脊椎动物体内未发现该类受体,因此OARs和TARs被认为是较理想、安全的杀虫剂靶标。由于目前对其研究尚不深入,昆虫OARs和TARs的三维晶体结构还未被解析。为研究作用于OARs和TARs杀虫剂的作用机理,并为设计和筛选高效低毒的靶标杀虫剂提供理论依据。本文运用同源模建的方法构建了OARs和TARs的三维结构。将对该类受体有活性的OA、TA、多巴胺(dopamine,DA)及部分靶标杀虫剂分别与模建的OARs和TARs模型进行分子对接研究,通过对接打分和作用模式进行分析,找出关键的氨基酸残基。另将对OARs有活性的一系列化合物进行了三维定量构效关系(three-dimensional quantitative structure–activity relationship,3D-QSAR)和药效团研究。根据以上结果,结合基于结构大分子和基于配体小分子的方法对Zinc数据库中的部分化合物进行虚拟筛选,寻找潜在的先导化合物。本文主要研究内容分述如下:1.通过GPCR-I-TASSER在线服务器对家蚕(Bombyx mori)的OARs和TARs进行同源模建。运用动力学模拟和质量评价方法,验证这两个蛋白模型的合理性和可靠性。将OA、TA、DA、杀虫脒(chlordimeform,CDM)、双甲脒(amitraz)、DCDM(去甲基杀虫脒)和DPMF(单甲脒)分别对接进OARs和TARs模型中,分析了它们的作用机理,预测了靶标与相应杀虫剂作用的关键氨基酸残基。2.基于一系列作用于OARs的配体小分子,包括2-(芳基亚氨基)噻唑烷类、2-(芳基亚氨基)噁唑烷类和2-(芳基亚氨基)咪唑烷类化合物,运用Co MFA方法构建了3D-QSAR模型和运用GALAHAD方法构建了药效团模型。内外部验证参数表明Co MFA模型较可靠,并具有良好的预测能力。3.结合以上分子对接结果和药效团模型,对Zinc数据库中的lead-like子集先后进行基于配体和基于结构的虚拟筛选。再对初步筛选出的50个化合物再进行可视化筛选,最终筛选出10个化合物。这10个化合物的QFIT和total score均较高,且与OARs和TARs结合较好,有可能对OARs和TARs具有较好的活性。本论文的研究结果为开发作用于OARs和TARs的先导化合物提供了理论依据,为新型杀虫剂的设计提供了新思路。
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