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纤毛虫作为一类最高等和复杂的单细胞真核生物,不仅种类繁多、分布广泛,而且由于体型较小、细胞皮膜较薄等原因能够对周围环境快速的做出响应,是优良的环境指示生物。目前对于纤毛虫的生态学研究主要包括传统生态学和环境DNA测序法两种方法,其中传统生态学方法又包括鲁哥氏液固定浓缩后直接观察（沉降计数法,Settling Chamber Counts,SCC）和定量蛋白银染色（QPS法,Quantitative Protargol Stain,QPS）。但两种传统的形态学方法以及最近几年才新兴的环境DNA测序法对于研究纤毛虫多样性和群落结构与环境因子之间的关系是否有差异,哪一种方法更适用于指示环境变化尚无定论。近来上海提出建设崇明世界级生态岛,但岛上河网水体水生生物相关研究几近空白。为此本研究结合了形态学观察、传统生态学和环境DNA测序法三种方法,对崇明岛河道在2020年7月、10月、2021年1月、5月四个季度的浮游纤毛虫原生动物多样性及其和环境因子之间的关系进行了研究,从不同季节对比分析了三种方法对于研究纤毛虫和环境因子关系之间的差异性,并提供了崇明岛河道纤毛虫原生动物种名录。沉降计数法检获24种纤毛虫,隶属于7个目,8个科,8个属,其中带壳寡毛类纤毛虫种类数17种占比70%以上。纤毛虫平均密度为25460ind./L。其中Leprotintinnus wusihensis,Tintinnopsis sp.1,Tintinnopsis longus,Tintinnopsis tubuformis,Leprotintinnus fluviatile,Tintinnidium pusillum是优势种,且优势种普遍与环境因子有显著相关关系,比如其中丁丁目的Leprotintinnus wusihensis与亚硝氮、总磷和氨氮呈显著正相关,与溶氧呈显著负相关;前口目的Balanion planctonicum与氨氮呈显著正相关,与溶氧呈显著负相关。群落结构季节间差异显著,溶氧浓度、氨氮、亚硝氮、总磷等是影响群落结构的主要环境因子。QPS法共鉴定纤毛虫131种（含未定种）,隶属于24个目,43个科,61个属,其中前口目占28%,环毛目占25%,寡毛目占18%。纤毛虫平均密度为4289ind./L。优势种有Rimostrombidium hyalinum,Balanion planctonicum,Urotricha sp.1,Halteria sp.1,Pelagostrombidium mirabile,其中前口目的Balanion planctonicum与氨氮呈显著正相关,与溶氧呈显著负相关。还有比如寡毛目的Pelagostrombidium mirabile与溶氧和p H呈显著正相关,和温度呈显著负相关。群落结构季节间差异显著,溶氧、温度、氨氮、亚硝氮和总磷等是影响群落结构的主要环境因子。环境DNA测序法共检出258个种,隶属于37个目,107科,182个属,其中环毛目占41%,Cyclotrichida占12%,钩刺目占9%,寡毛目占8%。相对丰度较高的种类有Tintinnidium fluviatile,Zosterodasys sp.1,Strombidiidae gen.sp.1,Cyclotrichida fam.sp.1,Strobilidiidae gen.sp.1,Rimostrombidium lacustris等,其中丁丁目的Tintinnidium fluviatile与温度、总磷和氨氮呈显著正相关,与溶氧呈显著负相关;环毛类的Rimostrombidium lacustris与电导率呈显著正相关,与温度、溶氧、氨氮、亚硝氮和总磷呈显著负相关。群落结构季节之间差异显著,溶氧、温度、氨氮、亚硝氮和总磷等是影响群落结构的主要环境因子。三种方法检获的纤毛虫的主要类群基本一致,主要包括寡毛目、环毛目、前口目、钩刺目等;除部分未定种外,QPS法能够检出大部分沉降计数法检获的纤毛虫种类;环境DNA测序法检获了大量传统生态学方法未检获的种类,原因一方面可能是其中大多属于稀有种,形态方法的采样量难于发现,另一方面也可能是形态学方法的实验过程中由于固定效果不好细胞裂解导致遗漏部分种类。利用传统生态学方法发现纤毛虫群落的α多样性随季节变化具有显著差异;环境DNA测序法的结果显示纤毛虫群落的ACE指数、Chao1指数、goods coverage指数、Richness指数在季节之间无显著差异,Pielou均匀度指数除5月和7月之间不存在显著差异外,两两之间都有显著差异,Shannon指数只在5月和10月之间以及7月和10月之间存在显著差异,Simpson指数只有10月和其他月份之间存在显著差异。沉降计数法发现与纤毛虫群落有显著相关关系的环境因子有透明度、温度、溶氧、p H、亚硝氮、氨氮、总磷、总氮、叶绿素;QPS方法发现与纤毛虫群落有显著相关关系的环境因子有透明度、温度、溶氧、p H、亚硝氮、氨氮、总磷、总氮;环境DNA测序法发现与纤毛虫群落有显著相关关系的环境因子有透明度、温度、溶氧、电导率、p H、亚硝氮、氨氮、总磷;通过三种方法的比较可见,能够影响崇明岛河道浮游纤毛虫群落结构的主要环境因子有透明度、温度、溶氧、p H、亚硝氮、氨氮、总磷,且三种方法几乎具有等同的效力。但考虑到实验和时间等成本,沉降计数法是最为简便的能够反映水环境条件的方法,而QPS法和环境DNA测序法则在反映水体中纤毛虫群落多样性方面更有优势。此外,为了更好的利用传统形态方法对崇明岛河道纤毛虫原生动物多样性进行监测,本工作提供了其中较常见34种纤毛虫的原色照片,同时发现同属于矛刺虫属的两个罕见种Hastatella radians和Hastatella aesculacantha的核糖体18s序列差异集中在V4区,而在V9区不存在差异,如果利用18s V9区进行多样性调查可能会低估崇明岛河道纤毛虫物种多样性。