桃(Prunus persica L.)是具有重要经济价值的核果类果树,我国是世界最大的桃生产国和消费国。然而,桃树在其生长发育过程中易受多种病毒的侵染,从而影响桃树的生长、发育和生产,进而制约桃产业的健康、可持续发展。目前对于我国桃树病毒的种类、不同桃种质中病毒发生情况及其遗传多样性和演化等问题仍缺少全面的认识。本研究利用高通量测序对桃及其野生近缘的4个植物学种的118份桃种质样品进行病毒鉴定,分析不同桃种质中的病毒组成差异,分析病毒的遗传多样性和遗传演化,鉴定了5种桃病毒新种。首先,明确桃及其野生近缘的4个植物学种的118份桃种质样品中的病毒种类和组成情况。RNA-seq(RNA sequencing)和sRNA测序比较发现,RNA-seq可以拼接获得比sRNA测序更完整的病毒基因组序列和检出更多的病毒种类。因此选用RNA-seq对桃及其野生近缘的4个植物学种的118份桃种质样品进行病毒鉴定,经RT-PCR验证,共鉴定出15种已知植物病毒、2种类病毒及新病毒5种。其中,发生最为普遍的病毒和类病毒有桃相关黄症病毒属病毒、李属坏死环斑病毒、桃病毒D、李树皮坏死茎痘相关病毒、油桃茎痘相关病毒和桃潜隐花叶类病毒。进一步对桃及其野生近缘种中病毒种类和组成进行分析,发现光核桃、山桃、甘肃桃、普通桃中检出病毒种类分别为19种、4种、5种和4种,其中15种病毒仅在普通桃中检出,说明桃及其野生近缘种中的病毒种类和组成均差异较大。另外,分析发现4类普通桃(观赏桃、地方品种群、栽培品种和砧木)检出的病毒种类数和组成较为相似。其次,利用高通量测序数据对检出的几种主要病毒进行种群多样性和遗传演化分析。单核苷酸多样性(SNP)分析发现李属病毒2 SNP频率最高,李属坏死环斑病毒SNP频率最低,SNP位点在各病毒基因组无明显的热点区域。序列比对和遗传演化分析显示,桃相关黄症病毒属病毒分离物在遗传演化树上聚类在3个分支中,油桃茎痘相关病毒分离物在遗传演化树上聚类在2个分支中,而桃叶痘相关病毒分离物在遗传演化树上未形成明显的聚集。最后,鉴定了5个桃病毒新种,明确其基因组结构、序列特征、分类地位和部分生物学特性。扩增获得RP19-1与RP19-2基因组序列,其均编码三个重叠的开放阅读框,序列多样性和遗传演化分析显示RP19-1、RP19-2与Ta Tao 5归属于纤毛病毒属的新病毒种:桃褪绿叶斑病毒。明确桃病毒1基因组全长为13,949 nt,编码6个ORF,为甲型细胞核弹状病毒属的新病毒种,可嫁接传播;桃病毒1是首个基因组为-ssRNA的桃病毒。明确桃病毒2基因组全长为4,978 nt,编码2个ORF,为整体病毒属的新病毒种,其病毒颗粒呈二十面体对称结构(平均直径约30 nm),是首个基因组为dsRNA的桃病毒。桃病毒3和桃病毒4仅扩增获得两个长片段序列,序列多样性和遗传演化分析显示两者归属于斑点病毒属。本研究利用高通量测序技术从桃及其野生近缘的4个植物学种的118份桃种质样品中共鉴定15种已知植物病毒、2种类病毒及5种新病毒,并明确其病毒的组成情况和主要桃病毒的序列多样性和遗传演化情况。这些信息加深了关于桃病毒及其多样性和演化的认知,为制定更有效的桃病毒防控措施提供了重要的理论依据。