基因工程,作为一种新兴的产业,掀起了一场生物经济时代的革命,在全世界范围内产生了极为深远的影响。跟其他的新兴技术领域一样,基因工程技术研究成果也需要得到法律的有效保护,从目前各国立法实践来看,基因工程专利仍然是最佳的保护途径,能够极大地促进基因工程技术的发展与应用。本文通过对于基因工程专利保护的理论问题及国内外的立法实践进行考察,以此来研究探讨我国基因工程专利保护制度的完善之路。本文主要由四个部分组成。第一部分主要关于基因工程专利保护的理论基础的研究。首先阐述了基因及基因工程的基本内涵及特性；其次是基因工程专利保护的必要性；然后重点探讨了关于基因工程可专利性的理论争议,包括基因本身、基因技术以及基因产品的可专利性分析,其中详细研究了“发明与发现之争”的争议内容以及各方观点,并在深入分析之后给出了笔者的观点；最后分析了对基因工程给予专利保护的实质条件——“三性”要求。第二部分是关于基因工程专利保护外国或区域立法和国际立法的考察。本部分首先通过对以美、欧、日等发达国家对于基因工程专利权保护的法律制度进行比较研究,主要是从对于基因可专利性的规定以及对于权利范围的规定的角度对于外国立法进行考察；然后对于国际立法中关于基因工程专利保护的规定进行阐述,主要是介绍了几项重要的国际条约中的关于基因工程专利的规定,并进行了关于在国际上建立基因工程专利利益分享机制的探讨。第三部分是关于我国基因工程专利保护的不足的研究。通过分析我国目前在基因工程专利保护方面的现状,研究我国现有制度的不足,包括四个层次：一是基因工程专利保护法律缺失,制度滞后；二是保护范围模糊,界定不清；三是缺乏明确详实的审查标准；四是利益失衡,生物盗窃严重。第四部分是关于对于完善我国基因工程专利保护的立法建议,提出了完善我国基因技术保护法律制度的建议,建议也分为四个层次：一是完善基因工程专利保护制度,通过修改现行专利法和借助立法解释的形式完善基因工程专利保护制度,更重要的是加快对于制定一部专门的基因工程产权保护与规制的特殊法的研究,另外也分析阐述了制定特殊法的艰难性与长期性；二是界定基因工程专利保护范围,首先分析了保护范围的界定标准,对于我国基因工程的保护范围具体界定内容也给出了笔者的建议；三是制定明确详实的实质性审查标准,严格实用性审查,从基本国情出发,对于我国应当采用的基因工程专利审查标准进行了分析；四是立法确立基因专利的利益分配,强化披露制度,以此来防止生物盗窃。