棉花是新疆的主要经济作物。近几年来,新疆棉花病害发生逐年加重,造成一些棉区严重减产或品质下降。本研究通过田间调查及分子检测方法对新疆北部棉区的棉花病害种类及其分布进行了分析;通过分子检测对4种病害病原菌的侵染动态进行了研究;并通过室内盆栽鉴定和小区试验,比较了新疆棉花主栽品种对立枯病和红腐病的单一抗性和兼抗特性。为因地制宜地选择抗病品种及针对性地开展病害防控提供依据。田间调查结果表明:新疆北部棉花主要病害有枯萎病、立枯病、黄萎病、红腐病、炭疽病和角斑病。其中,枯萎病和立枯病发生较为普遍;黄萎病发生次之;红腐病分布地较少,集中地发生在塔城地区;炭疽病和角斑病在调查区域内仅有零散分布。对各地病样的分子检测结果表明:在新疆北部棉区均有4种病害病原菌的分布。其中,尖孢镰孢霉分布最为普遍;立枯丝核菌次之;大丽轮枝菌只在近半数的采样区域有分布;拟轮枝镰孢霉分布不广,有明显的区域性,仅个别采样区域有较高频的分布。对4种病害病原菌侵染动态监测结果表明:立枯丝核菌和拟轮枝镰孢霉对棉株的早期侵染率较高,在子叶期就有了较高的侵染,从子叶期到蕾铃期侵染株率逐渐减少,呈持续下降趋势,且立枯丝核菌侵染率一般高于拟轮枝镰孢霉;而尖孢镰刀菌和大丽轮枝菌虽然在子叶期也有侵染,但侵染株占比较低,从子叶期到蕾铃期侵染株率逐渐增加,呈持续上升趋势,且尖孢镰孢霉侵染株率一般高于大丽轮枝菌;在六叶期前立枯丝核菌和拟轮枝镰孢霉的侵染株率高于尖孢镰刀菌和大丽轮枝菌,而六叶期后尖孢镰孢霉和大丽轮枝菌的侵染株率高于立枯丝核菌和拟轮枝镰孢霉。基于分子检测的4病原菌的混合侵染情况分析表明:4种病原菌中两种或多种病原菌混合侵染单一棉株的情况非常普遍;其中,2种病原菌混合侵染的病株最多。品种抗性比较结果表明:大多数品种对立枯病和红腐病存在显著或极显著的抗性差异。供试品种中没有免疫(I)或高抗(HR)的品种,多数品种对2种病害表现为感病(S)或高感(HS)。仅有少数品种对红腐病或立枯病表现为抗病(R)或中抗(MR)。对红腐病抗性较好的品种有中棉72(R)、新陆早53(R)、中棉50(MR)等7个品种。对立枯病较好的品种有新陆早53(MR)、中棉72(MR)和中棉50(MR)等6个品种。对2种病害的兼抗性较好的品种有新陆早53(MR)、中棉72(MR)和中棉50(MR)等6个品种。此外棉花品种对2种病害的抗性存在一定程度的关联,对立枯病抗性较好的品种多数兼具对红腐病的抗性。