两个mini-STR复合扩增体系的建立及灵敏度验证

来源 :吉林大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:qingmeizhujiulyx
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目的:对短串联重复序列(STR)的分析是目前对人类DNA进行研究的主要手段,它主要应用于亲缘关系、个体识别以及身份认证等研究中,但是绝大多数情况下,受环境因素的影响,DNA发生降解、断裂,这就给STR基因座的研究带来了很大的困难,针对这一情况,我们建立了两个DNA检测的mini-STR的复合扩增体系,这一体系的目的主要是通过对等位基因座扩增引物重新设计,使扩增片段长度变小,使得该体系能够更好的应用在高度降解的生物检材的检测中。方法:复合扩增体系I中包括了CODIS系统中的mini-STR位点D13S317、D21S11、D5S818、FGA、Amelogenin,复合体系II中包括了非CODIS系统的mini-STR位点D1S1171、 D2S1242、D3S1545、D4S2366,针对复合扩增体系I设计了5对更接近于STR基因座的引物,使得扩增片段长度小于200bp,并在引物上连接荧光6FAM、HEX、NED,复合体系II中的引物序列主要是参考H. Asamura(2)2007年设计的引物,连接荧光6FAM、VIC、NED、PET,通过一系列条件优化筛选出最适检测条件,此外利用传统方法,选择了200例汉族无亲缘关系个体的血液样本进行了等位基因标准物的制作,利用这两套体系分别对梯度稀释的control DNA9947进行扩增,对其灵敏度进行鉴定,选择一例经过DNA酶降解处理个体样本的血样进行了mini-STR基因座的检测,然后将这两个复合扩增体系应用于陈旧性人骨样本DNA的STR位点检测。结果:成功筛选出了72个等位基因并通过一定的比例组合出合适的等位基因标准物,在灵敏度检测中,复合扩增体系I的灵敏度为0.125-50ng,基因座的数据重现率很高,达到68-83%,复合扩增体系II的灵敏度为0.63-50ng,数据重现率达到69-85%,体系I的灵敏度比体系II高,两个体系的数据重现率都较高,这对检测结果的准确性提供了保障,且这两个体系同样适用于降解型和陈旧性DNA检材的STR位点检测。结论:通过对引物的重新设计,我们得到了可以高效地检测降解型和陈旧性DNA样本的等位基因分型,这两个体系的扩增成功率和灵敏度都较高,而且这种方法比商业化的试剂盒更加的经济。
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