常染色体显性遗传多囊肝病家系临床特征和突变位点分析

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目的:多囊肝(PLD)具有多种表现形式,在不同的遗传方式中致病基因有所不同。本研究通过对一个多囊肝病家系成员的临床资料进行收集,以明确该多囊肝病家系的遗传方式,并探讨该家系中多囊肝病相关的致病基因和变异位点。方法:1.本研究以一个多囊肝家系为研究对象,通过面对面问卷调查的方式收集家系成员临床资料,并绘制家系图谱。利用腹部超声检测肝囊肿。患者空腹8 h~12 h后采集不抗凝血5 m L和EDTA-K2抗凝全血4 m L,其中不抗凝血3000rpm离心5 min后使用全自动生化分析仪检测生化项目,抗凝全血用于全外显子测序。2.对8名家系成员的全血标本进行DNA提取、质检、建库和捕获富集,完成全外显子测序;3.测序得到的原始数据经过滤后比对到人参考基因组上(GRCh37/HG19),用GATK的Haplotype Caller工具完成变异检测后使用Snp Eff进行注释,得到候选变异集合。4.对可疑致病基因的筛选按照以下两种方式进行:(1)基于文献阅读和数据库查找对已见报道的致病基因进行筛选;(2)根据变异频率、有害性预测软件SIFT、Poly Phen2、Mutation Assessor和FATHMM的预测结果、变异功能以及家系患者与对照对比对其它基因进行筛选,筛选得到的候选基因进行GO基因功能和KEGG通路富集,并预测变异对蛋白结构的影响。5.通过Sanger测序对筛选得到的可疑致病基因进行验证。结果:1.该家系10位成员中有6名诊断为多发性肝囊肿,男女各3名,患者年龄在40岁~92岁之间。是否患病与性别无关,且每一代都有患病,符合常染色体显性遗传特征,可确定该家系为常染色体显性遗传多囊肝病家系。患者肝功能指标中α-L-岩藻糖苷酶(AFU)显著升高(P﹤0.05)。部分患者虽有肝功能指标异常值出现,但尚未出现由肝囊肿引发的腹痛、早饱和食管反流等症状。2.基于已知基因的筛选未发现致病性变异。在家系4名患者中筛查到25个其它基因的共有变异,使用Phenolyzer对相关基因进行查找,发现其中与ADPLD最为相关的为NKD2。GO和KEGG富集分析显示,候选基因在质膜、细胞外泌体、阳离子跨膜转运蛋白活性和Wnt信号通路中显著富集,提示Wnt信号通路可能是该家系ADPLD发生的关键通路,富集于该通路的NKD2为关键基因。NKD2基因的c.745G>A突变,造成缬氨酸变为异亮氨酸,预测结果显示该变异造成蛋白结构改变。Sanger测序验证结果显示该变异真实存在,符合家系共分离。结论:该家系为常染色体显性遗传多囊肝病家系,患者暂未出现肝囊肿相关症状。NKD2基因9号外显子的c.745G>A(p.Val249Ile)杂合变异可能影响该家系中ADPLD的发生,Wnt信号通路可能为关键通路。
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