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柑桔衰退病毒(Citrus tristeza virus，CTV)严重影响柑桔生长，普遍存在于各个柑桔种植区。已有研究表明，柑桔衰退病毒基因组存在较大变异，在田间还存在多个分离物混合侵染的现象，导致其致病力、症状等发生变化，随着柑桔种植结构的调整，新品种的涌现，柑桔衰退病的危害有加重的趋势。本研究从血清学、生物学、分子生物学三方面对我国部分柑桔产区的样品携带CTV的情况进行了分析，得到如下结果：采用DAS-I-ELISA方法和实验室已有10株CTV单克隆抗体，对湖北、江西等地的111个样品进行检测，结果显示，湖北、江西等柑桔产区的CTV携带率高达60％，CTV的分布广泛。不同的样品中的CTV，采用同一单克隆抗体检测时，检测值是不同的。同时，同一种样品中的CTV，检测为阳性的单克隆抗体也不同。依据10株单抗检测同一样品中CTV时，检测为阴性的单抗数量可以将30个样品分为10大类。从检测的CTV阳性样品中，选取N3、20、Y42等30个在血清学上有明显差异的样品，嫁接到酸橙、甜橙、墨西哥莱檬和葡萄柚四种指示植物上。3个月后，在指示植物或接穗上可见CTV所致的典型症状。在墨西哥莱檬和甜橙上，出现茎陷点、叶片褪绿症状。在酸橙上表现严重的衰退症状，新梢老化活黄化，叶片扭曲。酸橙砧甜橙则在嫁接CTV阳性样品后，接穗抽发的嫩梢枯死，果实畸形，叶片脱落。对选取的30个CTV阳性样品，采用CTV CP基因的特异引物，进行RT-PCR检测，均能扩增出672bp CP基因目标带，进一步证明30个样品均携带CTV。采用CTV强毒分离物和弱毒分离物特异引物RT-PCR扩增显示，样品N3、N4中的CTV能扩增出392bp条带，表明两样品可能存在CTV弱毒分离物；样品Y11、Y23、Y32等28个样品可扩增出320bp条带，为强毒分离物，无CTV强毒分离物和弱毒分离物同时存在的样品。30个样品中的CTV CP基因的RT-PCR产物经HinfⅠ／RFLP分析表明，依据Gillings等(1993)的报道，N3和N4为种群Ⅳ，N25为种群Ⅵ，N21则不能归类，本研究定为种群Ⅷ。N25、N3、N4、N21四个样品为CTV单一种群侵染，N3、N4中CTV CP基因酶切的带型一致，为同一种群。N25、N3、N4、N21四个单一侵染的样品中的CTV分离物分别命名为：CTV-N25、CTV-N3、CTV-N4、CTV-N21，对其CP基因进行克隆及序列分析。CTV-N3、CTV-N4与弱毒分离物T30 CP基因核苷酸序列和氨基酸序列相似性均高达99％，CP氨基酸序列在123-125位分别为：IVY，与Pappu等(1993)报道的弱毒分离物CP氨基酸序列特征性位点一致，CTV-N3、CTV-N4为弱毒分离物。CTV-N21与T318A(强毒分离物)CP基因核苷酸序列相似性为95.8％，与SY568(强毒分离物)CP氨基酸序列相似性高达96.4％。CTV-N25与severe mexico(强毒分离物)CP基因核苷酸序列相似性为92.3％，与SY568 CP氨基酸序列相似性为97.3％。与Pappu等(1993)报道的强毒分离物CP氨基酸序列特征性位点一致，CTV-N21与CTV-N25的CP氨基酸序列在123-125位分别为：VVF，CTV-N21与CTV-N25为强毒分离物。CTV强弱毒分离物在序列上存在一致变异，CP基因的多数碱基位点发生了替换，仅3处发生T→A的颠换。本研究CTV分离物CP基因Genbank登录号：CTV-N3(EF517334)、CTV-N4(EF517335)、CTV-N21 (EF063109)、CTV-N25(EF5173366)。