小穴壳属(Dothiorella)和新壳梭孢属(Neofusicoccum)是一类广布世界、寄主种类多样化的内生真菌和腐生真菌,同时这两个属内的物种也是可危害多种树木的病原菌或潜在致病菌。由于其真菌有性型特征较少且物种间形态相似、无性型形态多变、寄主植物种类繁多等原因,因此利用传统分类进行鉴定较困难且不准确。随着分子生物技术手段在分类中的广泛应用,分子系统发育学研究为准确快速鉴定属内物种提供了有力支持,其形态特征被重新整理和界定。小穴壳属建立于1880年,目前属内39个物种,其中许多物种的模式标本由于时间久远和缺乏准确详细的形态学特征描述和相对应的分子数据,因此需对其分类地位进行进一步确定。在新壳梭孢菌属中,本研究所发现的种的无性型和有性型需要和已知物种进行比较,明确其分类地位,并补充其DNA序列信息。本论文研究在中国黑龙江省、吉林省、北京市、山东省、河南省、江苏省、湖北省、贵州省、福建省、广东省、广西省、云南省和海南省等地广泛采集新鲜标本83份,分离到小穴壳属和新壳梭孢属菌株40株,采用传统形态学和分子系统发育学相结合的研究方法,使用ITS、Tef1-α和TUB三个基因片段,并运用MrBayes和PAUP等生物分子分析软件对小穴壳属和新壳梭孢属进行了细致全面的系统发育学研究,并分析构建了其系统发育树。其中对模式标本进行详细的形态学描述、拍照及图版制作,并论述了它们与相似种间的区别。系统发育学的研究结果表明:对于小穴壳属,ITS和Tef1-α片段结合就可准确进行种间的区分;而对于新壳梭孢属来说,Tef1-α片段的种间差异性最高,但需要结合多个基因片段进行种间的区分。通过比较其形态学特征、生境以及系统发育学研究结果,共确定新种12个,已知种2个。其中,小穴壳属新种4个,新壳梭孢属新种8个。