我国2005年开始实行的股权分置改革是对我国资本市场的重大变革，理论界和实务界都认为通过股权分置改革，可以改善我国上市公司的股权结构，从而解决由于我国上市公司特殊的股权结构所带来的各种问题，这其中就包括关联交易。但是，在实行股权分置改革之后，我国上市公司进行关联交易的现象并没有显著减少，反而呈现出关联交易的规模越来越庞大、交易的过程越来越复杂的现象，股权分置改革并没有像预期的那样有效地抑制关联交易的发生。本文从股权结构这一影响公司内部治理结构的基础性机制入手，在参考前人研究的基础上，结合当前我国证券市场逐步迈入全流通的时代背景，来分析当前我国上市公司股权结构与关联交易之间的关系，并分析我国施行股权分置改革的作用是否得到了体现。在结合前人的研究和当前的制度背景之后，提出本文的四个研究假设。本文选取2009年至2011年沪深A股制造业中已经实现全流通的上市公司为初始样本，通过一定的筛选得到最终410个研究样本，通过对样本的实证分析来验证本文提出是研究假设，最终得出以下四个结论：第一大股东对公司拥有绝对控制权时，随着第一大股东持股比例的增加，关联交易的规模会越来越小；当上市公司股权高度集中时，随着公司股权集中度的增加，关联交易的规模会越来越小；股权制衡对关联交易有明显的抑制作用；当第一大股东对上市公司拥有绝对控制权或上市公司的股权高度集中时，机构投资者的持股比例越高，对上市公司关联交易的抑制作用更明显。最后，在结合本文研究结果的基础上提出有关的政策建议，包括：进一步优化我国上市公司的股权结构、大力发展机构投资者以及完善我国关联交易的信息披露制度，以便更好地规范我国上市公司的关联交易行为，完善我国的公司治理机制。