本研究以杜泊羊母羊的极端表型脱毛组（S组,5只）与不脱毛组（N组,3只）作为研究对象,采集其皮肤2019年9月、2020年1月、2020年3月三个阶段的体侧皮肤组织样品进行石蜡切片和miRNA测序,对毛囊形态进行观察及分析,将差异miRNA进行靶基因预测,并通过GO和KEGG富集分析靶基因的功能和信号通路,最后进行qRT-PCR验证试验,结果如下:1.本研究三个时间点的毛囊发育阶段,S组依次为:生长期、休止期、生长初期,N组依次为:生长期、退行前期、退行中期。5月份对羊群的脱毛情况进行统计,81.53%的绵羊存在不同程度的脱毛现象,18.47%的绵羊存在不脱毛。2.通过miRNA测序比较分析S组和N组miRNA表达水平差异,在S组共检测到489个差异miRNA,其中上调281个,下调208个;N组共检测到305个差异miRNA,其中上调146个,下调159个。S-vs-N共检测到215个差异miRNA,其中上调138个,下调77个。去除重复及表达异常的miRNA,筛选后共得到244个差异miRNA。3.将244个差异miRNA按照A趋势（生长期高表达,退行期、休止期低表达）、T趋势（退行期、休止期高表达,生长期低表达）进行筛选,最终得到A趋势差异miRNA50个和T趋势差异miRNA14个,然后进行靶基因预测,根据miRNA与靶基因mRNA的表达量相关系数（小于-0.7）进行筛选,最终得到A趋势的差异miRNA26个,其靶基因186个;T趋势的差异miRNA7个,其靶基因53个。将得到的靶基因与mRNA分析得到符合A与T趋势的差异基因取交集,最终筛选到影响毛囊生长发育的靶基因36个,对应于15个A趋势的miRNA。4.将上述36个靶基因进行GO富集分析,结果显示,较多的靶基因富集在细胞过程、生物学过程调节;有机体过程、细胞、细胞部分;结合、催化活性等功能条目;进行KEGG分析发现,较多的靶基因富集在 MAPK、Hedgehog、TGF-beta、RAP1、TNF、NF-kappa B、Jak-STAT、Ras、PI3K-Akt等与毛囊生长发育相关的信号通路中。5.NF-kappa B、Jak-STAT、Ras、PI3K-Akt四条信号通路为毛囊生长发育休止期的重要通路。挑选富集到四条通路中的差异miRNA与其对应的靶基因,筛选到6对miRNA-mRNA靶向关系对,分别为:miR-184-3p—CARD11、miR-146-3P—PDGFRB、miR-210-3p—STAT6、miR-429-3p—NTRK2、miR-17-3p—NTRK2、miR-146-5p—TRAF1—NTRK2。上述差异 miRNA 及其靶基因可能在绵羊毛囊的周期性生长发育中起重要的调控作用。6.采用实时荧光定量PCR技术定量检测13个差异miRNA和2个靶基因进行表达水平,结果显示,实时荧光定量PCR水平与转录组测序结果的趋势基本一致。本研究通过对杜泊羊毛囊周期性变化的三个时期的皮肤毛囊组织miRNA测序分析,为杜泊羊毛囊组织miRNA的表达谱提供了新的信息,为继续探究这些miRNA及其靶基因的靶向关系提供了前期基础,有助于解析绵羊脱毛性状相关的分子调控机制。