【摘 要】
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饲料效率是决定动物生产成本的主要影响因素之一,已逐渐引起国内外动物遗传育种学家的广泛关注,剩余采食量（Residual Feed Intake,RFI）目前已被广泛应用于畜禽饲料效率的评估,RFI的基因定位已成为当下分子育种关注的重点。宁夏地区滩羊产业逐渐发展,滩羊出栏量比重逐渐增加,但关于滩羊饲料效率性状的相关研究还相对有限。因此,本研究对极端RFI滩羊重测序和50K芯片测序,针对滩羊RFI性状
【基金项目】
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宁夏回族自治区重点研发计划一般项目（2019BEH03004）；
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饲料效率是决定动物生产成本的主要影响因素之一,已逐渐引起国内外动物遗传育种学家的广泛关注,剩余采食量（Residual Feed Intake,RFI）目前已被广泛应用于畜禽饲料效率的评估,RFI的基因定位已成为当下分子育种关注的重点。宁夏地区滩羊产业逐渐发展,滩羊出栏量比重逐渐增加,但关于滩羊饲料效率性状的相关研究还相对有限。因此,本研究对极端RFI滩羊重测序和50K芯片测序,针对滩羊RFI性状进行全基因组关联分析（Genome wide association study,GWAS）,确定影响滩羊RFI的位点和候选基因。1.采用Illumina公司的高通量测序仪进行30 ×测序深度的重测序,对30只极端RFI滩羊个体进行测定,原始数据经质量控制后共得到22 240 774个SNP位点,利用混合线性模型进行GWAS,得到500个SNPs与滩羊RFI性状相关,注释到了 126个已知基因,对注释基因进行GO和KEGG功能富集分析发现,注释基因富集到了与细胞周期、PI3K-Akt信号通路、胰岛素信号通路相关。通过KASP技术测定群体位点基因型发现,Chr1:30939091、Chr3:82327573、Chr3:107340609、Chr10:34812026、Chr10:35052741、Chr16:42388856、Chr18:18500330、Chr21:22853482、Chr22:55007345 位点不同基因型对滩羊 RFI 性状产生了影响。在Chr16:42388856位点中CC为优势基因型,C为优势等位基因,CC基因型滩羊的RFI极显著低于GC和GG基因型滩羊（P＜0.01）;Chr18:18500330位点中CG为优势基因型,G为优势等位基因,GG基因型滩羊RFI极显著高于CC基因型滩羊（P＜0.01）。结合其所对应基因进行RT-qPCR验证发现,Chr16:42388856、Chr18:18500330位点对应的ADAMTS12、PLIN1基因在极高RFI和极低RFI滩羊中表达差异显著（P＜0.05）,可作为滩羊RFI的候选基因。2.采用康普森公司设计的绵羊专用50K芯片,对292个个体进行测定,每个个体平均64 734个SNP,利用混合线性模型进行GWAS,得到62个显著SNPs与滩羊RFI性状相关,注释到了 100个已知基因。GO和KEGG功能富集分析显示,注释基因主要与氨基酸代谢相关,其中 Chr4:127201684、Chr2:246817664、Chr19:58673493 三个位点不同基因型对滩羊 RFI产生了影响。Chr4:127201684位点三种基因型中RFI性状均产生了显著性差异,AA基因型滩羊RFI极显著高于GG基因型滩羊（P＜0.01）,显著高于AG基因型滩羊RFI（P＜0.05）,其中优势基因型GG平均RFI最低;Chr2:246817664位点TC为优势基因型,C为优势等位基因,TT和TC基因型滩羊RFI极显著高于CC基因型滩羊（P＜0.01）;Chr19:58673493位点GG为优势基因型,G为优势等位基因,GG基因型滩羊RFI显著低于AA和AG基因型滩羊个体（P＜0.05）。RT-qPCR 结果表明,Chr4:127201684、Chr2:246817664、Chr19:58673493三个位点所对应的基因INSIG1、PID1、PPARG在极高和极低RFI滩羊中表达差异显著（P＜0.05）,可作为滩羊RFI的候选基因。本研究在滩羊RFI性状中开展的GWAS研究,为改善滩羊生长性能提供了研究基础,从基因组层面挖掘了滩羊与RFI性状的候选基因。
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