随着我们高校学校教育事业的改革和发展，高校发展的宏观环境发生了很大的变化。加上随之改革的高校会计制度和会计准则，会计数据日益丰富，会计核算越来越复杂。我们看重的不仅仅是学校的财务，还要看重学校的财务运作情况，科研与教学水平，成长与发展潜力等综合实力。如何实现学校资源配置的最大化，提高学校的办学效益，建立良好的风险监督机制来降低学校的财务风险，保证学校长远持续的发展是非常重要的，也是必要的。因此，本文分析国内外高校关于预算管理的研究，借鉴他们的先进经验，分析我国高校事业的现状，提出了进行高校预算管理绩效评价要基于战略绩效管理理论、委托-代理理论、激励理论。　　本文运用平衡计分卡(BSC)从财务、客户、内部、学习与成长四个维度来选取指标，采用层次分析法确定四个维度的权重及各个指标的总排序权重。最后使用综合效益指数法建立综合评价模型。本文以山东省S高校为研究对象，选取以山东省教育厅直属的21所公办学校为样本，我们利用2009-2012年的数据，通过收集、整合利用高校财务决算原始数据，重点分析S高校在全省的绩效情况。最后单独以S校2009年的数据为基期，分析S学校2010-2012年的绩效状况。从纵向来看，2010年到2011年，高校预算绩效与2009年相比，其绩效情况得分较高，2012年有所下降。从横向来看，S高校在这21所高校中其预算绩效处于中等水平。我们可以根据其分数低的维度找到相应的指标，根据该指标分析原因，找到解决的方法。使用层次分析法和平衡计分卡(BSC)的理论与方法，建立适合普通高校的预算管理绩效评价体系，对于改善高等学校的预算管理水平，提高高等学校的综合实力及核心能力有一定的指导意义。