随着水产养殖密度不断增大，病害的侵袭已经严重制约的水产养殖也的健康发展，因此提高鱼类对大规模突发性疾病的抗病能力以成为人们所关注的重点，传统的药物治疗和预防不仅在鱼体内造成残留，也会对污染养殖环境，所以挖掘鱼类免疫相关基因和利用基因芯片快速高通量的检测成为人们研究的热点。本研究获得未注释EST序列35,353条，经过基因功能的GO注释鉴定出444条鲤鱼（Cyprinus carpio）免疫相关序列，已知核酸序列的获取48条鲤鱼免疫相关功能基因，共获得鲤鱼免疫相关功能序列492条；在37个人体免疫基因芯片上，每个芯片选取8-10个基因，共选取337个基因进行特异性引物设计，共设计出300个基因的特异性引物3107对，合成306对引物，经扩增条件的筛选共选出264对鲤鱼免疫相关功能基因引物。本实验用上述264对引物的PCR扩增产物作为基因芯片的探针，探针浓度为0.5μg/μL时，点样效果最好；点样时湿度为55，点直径200μm，点间距300μm时，点圆润，大小均匀，且分布均匀无交叉；检测样品OD260/OD280值范围为1.8-2.0，浓度300-500ng/μl时杂交效果最好；杂交时样品和杂交液混合比例为1：6，杂交温度为55℃时杂交效果最好，杂交背景较弱；用制备好的基因芯片对未染病镜鲤和染病镜鲤的脾组织进行基因表达差异的检测，应用QuantArray微阵列分析软件，分析两个样品RNA起始量之间的差异，进行比值分析，确定差异表达的基因，在Dendritic&Antigen Presenting Cell和antiviral response两个信号通路中找到差异表达基因。本研究通过对鲤鱼免疫相关功能基因的的注释和获取，研究鲤鱼免疫机制提供理论基础，并用筛选出的264对引物进行基因芯片的构建，优化了制备条件，为使用基因芯片这中高通量快速的检测基因表达的手段提供前提，利用免疫相关功能基因芯片对未染病的镜鲤和染病镜鲤进行初步的表达差异检测，证明了免疫相关功能基因芯片在鲤鱼免疫机制的研究中应用的可行性。