研究背景及目的:多发性硬化（multiple sclerosis,MS）和缺血性卒中（ischemic stroke,IS）是两种具有较高致残率的中枢神经系统疾病,严重困扰着患者个人和家庭,给社会带来巨大负担。MS和IS病因和发病机制复杂、临床表现具有多样性、已有临床治疗获益却相对有限,这些都使得它们成为了医学研究领域的热点与难点。随着两者临床潜在关联性的揭示,尤其部分MS的免疫调节药物在IS临床试验中初见成效,人们对两种疾病关联性的认识逐渐加深。迄今为止,两种疾病之间的遗传关联性仍有待进一步探索。本研究聚焦两种疾病的遗传关联性,利用MS和IS全基因组关联研究（genome-wide association studies,GWAS）数据和统计遗传分析方法,深入识别MS和IS相关的基因和生物学通路,探寻潜在的发病机制,为MS和IS危险因素的认识、预防和潜在治疗靶点的发现,提供有力的遗传学基础。方法:选取国际公开报道的MS GWAS数据和IS GWAS数据,分别进行MS和IS共有风险基因和共享生物学通路的识别研究。首先,应用PLINK软件,分别对MS和IS GWAS数据中的SNPs,即单核苷酸多态性,进行基于基因水平的关联性分析,确定每种疾病的风险基因集（满足P<0.05）;其次,利用Fisher’s整合方法,将两者初选的共有风险基因的P值进行整合,以筛选出满足多重检验校正阈值的共有风险基因;再次,使用公共基因表达数据库（GEO）,选择进行多重检验校正后仍然显著的共有风险基因,在MS-对照组和IS-对照组分别进行基因差异性表达分析;最后,应用在线通路分析工具Web Gestalt,对MS和IS各自的风险基因分别进行富集分析与功能注释,识别两种疾病之间共享的生物学通路。结果:基于基因水平的关联性分析,发现了23个显著的MS和IS共有风险基因（ARFRP1,ATOX1,C12orf30,CLEC2D,CLECL1,LIME1,LTA,MICB,MYO19,NFKBIL1,NUDT14,PPP1R10,RING1,RPS13,RTEL1,SH2B3,SLC26A10,SLC44A2,UBE2B,WARS,ZFP36L1,ZNF746和ZNHIT3）。基因差异性表达分析汇总发现:在23个显著的MS和IS共有风险基因中,有7个共有风险基因（CLEC2D,MYO19,PPP1R10,UBE2B,WARS,ZFP36L1和ZNF746）在MS-对照组和IS-对照组有显著的差异性表达。同时发现:ZFP36L1基因在MS外周血单个核细胞中的基因表达水平是对照组的2.20倍;UBE2B基因在心脏栓塞性卒中（IS的主要亚型之一）的外周血细胞中的表达水平是对照组的2.07倍。基于通路水平的分析,发现MS和IS具有12个显著的KEGG共享通路、2个显著的PANTHER共享通路、5个显著的Wiki Pathways共享通路和25个显著的Reactome共享通路。此外,还发现MS和IS共同享有121个显著的GO通路,包括56个生物过程注释、43个细胞组分注释和22个分子功能注释。进一步处理和分析后,得到了19个显著的代表性共享GO注释,包括12个生物过程注释、3个细胞组分注释和4个分子功能注释。结论:基于基因水平和生物学通路水平,本研究分别对MS和IS的遗传关联性进行了研究,揭示了MS和IS具有共同的遗传基础,提示免疫和神经系统的遗传学改变,可能与MS和IS疾病发生和发展有关。总之,本研究为MS和IS的关联性提供了有力的遗传学证据,为后续研究MS和IS共同的分子机制提供了新线索和新思路。