胆管癌表达异常基因的筛选及竞争性内源RNA网络的构建

来源 :中国医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:lxbyftk
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目的:胆管癌(CCA)起源于胆管上皮细胞,在过去的二十年中发病率增长迅速,然而关于其发生和发展的机制的研究仍然较少。本研究旨在寻找新的胆管癌预后生物标志物并揭示其发生及发展的分子机制。方法:从肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库中获得胆管癌中lncRNA、miRNA和mRNA的RNA表达数据集及相关临床信息。使用R的DESeq2和limma包筛选表达差异显著的mRNAs(DEmRNAs)、lncRNAs(DElncRNAs)和miRNAs(DEmiRNAs)。采用单变量Cox回归分析评价生存期与DEmRNAs、DElncRNAs、DEmiRNAs表达水平的关系进而筛选出预后DEmRNAs、预后DElncRNAs和预后DEmiRNAs。通过Pearson相关性分析评价预后DERNAs之间的相互作用并构建竞争性内源RNA(ceRNA)网络。结果:差异分析发现3657个DEmRNAs、1622个DElncRNAs和66个DEmiRNAs在胆管癌组织和癌旁组织中存在表达差异,其中5个DEmiRNAs、63个DElncRNAs和90个DEmRNAs和预后相关,基于以上预后相关分子进一步构建的竞争性内源RNA网络包括3个miRNAs(hsa-mir-1295b、hsa-mir-33b和hsa-mir-6715a),7个lncRNAs(ENSG00000271133、ENSG00000233834和ENSG00000235052等)和18个mRNAs(ANO9、FSCN2、GRID2IP和NCK2等)。结论:本研究筛选出了新的预后分子标志物,并预测了胆管癌竞争性内源RNA调控网络,这可能为进一步了解lncRNA介导的竞争性内源RNA调控机制提供新的视角。
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目的:肢端肥大症是一种长期激素分泌紊乱,以生长激素和胰岛素样生长因子过多为代表性的疾病,肢端肥大症通常是由垂体腺瘤引起,导致体型和内脏器官异常肥大,并伴有相应生理功能异常的内分泌与代谢性疾病。生长激素分泌型垂体腺瘤作为肢端肥大症的主要病因,患者在接受手术之后往往需要长期的随访和生化监测来判断是否达到临床治愈,且GH腺瘤在切除之后也有着较高的复发概率。然而目前对GH腺瘤手术后的预后情况并没有一个公认
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背景:LncRNA是一种长度大于200个核苷酸的RNA,没有编码蛋白的阅读框,不能进一步翻译成为蛋白。目前研究表明LncRNA参与胃癌发生以及发展,有关LncRNA甲基化在胃癌中的作用和机制研究尚少。本组前期研究发现,LncRNA C5orf66-AS1在胃癌、尤其是早期胃癌的表达明显降低,其调控机制尚不清楚。目的:探讨胃癌中C5orf66-AS1启动子甲基化状态与基因表达、胃癌发生风险、临床病理
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