在已经上市的药物当中，以酶为靶点的药物所占的比例高达五分之一，且当今社会威胁人类生命健康的几大主要疾病如肿瘤、糖尿病等都与酶的失调有重大关系，因此酶抑制剂的研发对于新药研究有重要意义。目前常用的筛选酶抑制剂的方法有分光光度法、酶标仪法等，分光光度法不能避免复杂基质的影响，酶标仪法因采用微孔板等耗材成本太高，而毛细管电泳具有高效、快速、试剂消耗量少等优点，本论文意在通过高效毛细管电泳进行酶抑制剂的研究，将其发展成为简便可靠的高通量筛选平台，来用于创新药物的研究开发。第一部分建立了一种新型的毛细管柱中在线反应方法，以HDB作为离子键合剂构建毛细管电泳固定化酶微反应器，来筛选酪氨酸酶抑制剂。实验过程中采用L-酪氨酸作为底物，考察了微反应器的稳定性为10次左右，优化了孵育时间为2min，测定了酪氨酸酶酶活常数-米氏常数Km为0.5334mM，测定了阳性对照剂曲酸对游离酶的抑制常数为22.54uM，并确定了其抑制类型为混合型抑制，证实了该模型的可行性，并对18种金属配合物和13种中草药的粗提物进行了活性筛选，其中独活和知母对酪氨酸酶有一定的抑制活性，抑制率依次为29.51%和47.34%。第二部分首次采用毛细管柱前反应法来筛选二肽基肽酶抑制剂，实验采用甘氨酰脯氨酸对硝基苯胺（Gly-Pro-PNA）为底物，实验过程中优化了底物和产物的分离条件、底物和酶的反应条件，最终确定最优条件为分离条件：运行缓冲液10mM NaH₂PO₄+10mM SDS pH7.5，温度37℃，运行电压30Kv，柱长40cm；反应条件：85μL10mM NaH₂PO₄pH7.5+10μL底物溶液+5μL酶溶液，反应时间40min，检测波长214nm和405nm。测定了二肽基肽酶的酶活性常数-米氏常数0.3708mM，阳性对照剂-西他列汀对游离酶的抑制常数为1.2169mM，并确定了西他列汀的抑制类型为混合型抑制，证实了该方法的可行性，并对50种天然产物粗提物和16种化合物进行了活性筛选，筛选出有活性的天然产物粗提物一个TN-LGQ-94，抑制率为63.29%，化合物四个Sun-3.2、 Gfm-0429、Gfm-0430、Gfm-0504，抑制率分别为56.98%、65.32%、48.61%、60.58%。