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研究和控制分子在基底的自组装，是实现分子电子器件的重要前提条件。另外，对表面、界面分子自组装和超分子结构的精确控制，仍然需要澄清和解决许多基本的理论问题。因此研究分子在二维表面的吸附规律，不仅对物理化学现象本质的理解具有十分重要的意义，并且为制造分子传感器、设计分子器件提供了重要的理论基础。本文以此为出发点，通过分子间氢键、给受体作用在高定向裂解石墨(HOPG)表面构筑了有机分子的纳米结构，并利用高分辨的扫描隧道显微镜(STM)技术对分子纳米结构进行了详细研究。另外外界光诱导也能对分子的表面自组装结构进行很好的调控。论文分为以下几个部分：一、本文利用STM手段研究了两个DOB衍生物R146、R162分子在HOPG表面的二维有序吸附结构。分子溶于辛基苯溶液。高分辩的STM揭示了分子排列结构的细节信息。R146分子通过分子间的C-H…F弱氢键作用，吸附在HOPG表面，形成了两种吸附构型，其中有是一种类似于镜面对称的结构。R162分子在石墨表面吸附，分子间通过酮氧和羟基上的氢形成氢键，分子链通过范德华力相互作用，使得分子得以形成稳定的吸附层。二、利用STM，在固／液界面研究了PTCDI-C12和CuPcOC8二元配合物体系在HOPG表面的组装。研究结果表明，两种分子共混的结构为相分离结构。这是由于两种相异的分子间没有明显的相互作用而导致的。该研究为制备多元分子阵列提供了一种全新思路。三、研究了紫外光照对4-戊氧基肉桂酸(AOCA)在HOPG表面自组装结构的影响。光照前，AOCA能在HOPG表面形成大范围的有序吸附结构。光照后，分子发生二聚反应，吸附结构发生明显变化。二聚体的立体性比较强，从STM图像上观察到无序的结构。通过光化学反应的方法能够有效地控制分子的吸附结构，并从分子级分辨率给出了直接证据，证实了肉桂酸化合物在HOPG表面的光二聚反应。