胰腺癌中差异环状RNA的筛选及circ_0007883作用机制的生物信息学预测和实验验证

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目的:胰腺癌是一种发病隐匿、诊断困难、预后极差的消化道恶性肿瘤。近年来胰腺癌的发病率持续上升,给社会带来了严重的负担。更为重要的是,胰腺癌还是实体性肿瘤中致死率最高的,在所有与癌症相关的死亡原因中排名第七。胰腺癌患者早期症状不明显,在确诊时往往已经处于疾病进展期,失去了手术切除的机会,给治疗带来极大的挑战。多数患者即使能够进行手术治疗,5年生存率只有10-20%。同时化疗药物带来的副作用和产生耐药性也不利于患者的治疗。目前,我们对胰腺癌的了解有限,因此,对于胰腺癌发生、发展的机制研究十分迫切。环状RNA(circular RNA,circ RNA)是一种内源性非编码RNA,与线性RNA不同,它没有游离端,而是以共价键连接而成的环状结构。它能够一定程度抵抗核酸酶的作用,更稳定的存在于体内,是理想的的生物标志物。大量研究证明了与正常组织相比,circ RNA在肿瘤中往往表达异常,与肿瘤的进展密切相关。对于它的研究,或许能够为胰腺癌的诊断和治疗带来新的希望。随着生命科学和计算机科学的发展,生物信息学成为了医学研究中必不可少的工具。在高通量技术的推动下,大量的circ RNA被发现,其作为mi RNA的海绵发挥病理生理调控作用的研究引起了研究者浓厚的兴趣。本研究通过生物信息学分析,筛选出了与胰腺癌关系密切的circ0007883,并以此为切入点,深入研究了circ0007883与胰腺癌患者临床病理资料的相关性,发现了其在胰腺癌中高表达,并且促进了胰腺癌细胞恶性行为的发生。然后通过生物信息学预测和实验验证,证明了circ0007883/mi R-141-3p/HGF信号轴在胰腺癌的发生发展中起着重要作用。研究方法:首先搜索GEO(Gene Expression Omnibus)数据库,筛选用于胰腺癌中circ RNA表达谱研究的数据集。对测序数据集的原始数据进行过滤和质控,采用R语言中的Deseq2包进行差异分析,对质控后的芯片数据集使用R语言中的limma包进行差异分析,取多个数据集差异分析结果的交集,确定研究目标为circ0007883。检索本院因胰腺癌进行外科手术切除的患者,共纳入33位病史资料详细的胰腺癌患者获得其癌和癌旁组织病理切片。进行荧光原位杂交实验,验证癌和癌旁组织中circ0007883的表达差异。应用统计学方法分析肿瘤组织中circ0007883的表达水平与患者年龄、性别、相关疾病史、生活史、肿瘤分期、肿瘤分化程度、血清CA19-9水平等临床病理资料间的关系。然后,使用实时荧光定量聚合酶链式反应方法检测正常胰腺细胞HPDE6-C7和胰腺癌细胞Bx PC-3、Capan-2、PANC-1中circ0007883的表达水平。接着在胰腺癌细胞中过表达和敲减circ0007883,进行细胞表型实验,包括:用CCK-8方法检测增殖能力的变化,Transwell方法检测迁移和侵袭能力的变化,流式细胞术检测细胞周期的变化。再利用circ Bank数据库预测circ0007883靶向结合的mi RNA,在starbase数据库进行mi RNA的生存分析,筛选出mi R-141-3p。使用mi Rwalk和Linked Omics数据库预测mi R-141-3p的靶基因,对以上结果取交集,对交集中的靶基因进行蛋白互作分析并提取子网络,筛选出枢纽基因。在GEPIA2数据库中对枢纽基因分析,最后确定并构建了circ0007883/mi R-141-3p/HGF调控轴。随后,通过实时荧光定量聚合酶链式反应验证了mi R-141-3p和HGF在胰腺癌细胞中的表达量,最后通过双荧光素酶报告基因实验证明了circ0007883与mi R-141-3p之间、mi R-141-3p与HGF之间存在结合关系。结果:1.检索GEO数据库得到3个数据集,分别是GSE136569,GSE69362和GSE79634,差异分析发现circ0007883在数据集中都表现为高表达。2.胰腺癌细胞系中circ0007883表达明显高于正常胰腺细胞系(P<0.05)。3.circ0007883在胰腺癌组织中表达量明显高于癌旁组织(P<0.001),肿瘤组织中circ0007883的表达量与肿瘤T分期(P<0.001),M分期(P=0.003),TNM分期(P<0.001),血清CA19-9水平(P=0.039),肿瘤分化程度(P=0.016)明显相关。4.在Capan-2和PANC-1细胞系中,过表达circ0007883后细胞增殖能力(P<0.05)、侵袭能力(P<0.01)、迁移能力(P<0.01)能力增强,细胞更多阻滞在S期;敲减cric0007883后,细胞的生物学行为相反。5.通过多种生物信息学方法的联合应用分析得出,circ0007883可能通过circ0007883/mi R-141-3p/HGF调控轴参与胰腺癌的进展。6.在Capan-2和PANC-1细胞系中,过表达circ0007883后mi R-141-3p表达量减少,HGF表达量增加,敲减circ0007883后两者的表达量变化情况相反。7.在细胞内circ0007883和mi R-141-3p,HGF和mi R-141-3p间存在结合关系。结论:1.circ0007883在胰腺癌组织中高表达,其表达水平与肿瘤分期、肿瘤分化、血清CA19-9水平等临床病理资料密切相关。2.circ0007883在胰腺癌中高表达,在胰腺癌中发挥促癌作用,导致胰腺癌细胞增殖能力、迁移能力、侵袭能力提高,敲减circ0007883表达会抑制细胞的恶性行为表现。3.通过生物信息学和实验证明胰腺癌中存在circ0007883/mi R-141-3p/HGF调控轴。
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