区域作为地方政治、经济、科技和文化发展的载体,其创新能力的强弱直接影响着区域经济的发展和区域竞争力的大小。因此区域创新系统的情况对于各地区的发展和经济而言具有重要的战略实践意义。而区域内的地方政府行为机制对建立健全区域创新系统,增强区域创新能力,发展个性化的区域经济起到了关键性的作用,准确定位地方政府行为机制是全面提升区域创新能力,进而提升区域竞争力的必由之路,也是推动我国区域经济持续、高质量增长的有效途径。本文对区域创新系统中地方政府与其它主体进行不完全信息静态博弈,进而对地方政府行为进行定位。在明确定位后,给出针对性的地方政府行为机制,并运用定量与定性相结合的方法构建区域创新系统中地方政府行为机制的评价指标体系,对其行为机制进行论证;结合这些行为机制存在的问题,并以解决这些问题为目标,提出优化区域创新系统中地方政府行为机制的对策,使这些行为机制更加完善,从而达到促进区域创新系统的发展,进而使区域经济跨步前行的目的。本文提出区域创新系统中地方政府行为机制为:1、环境创新行为机制;2、制度创新行为机制;3、联盟创新行为机制。这三个地方政府行为机制存在的问题为:1、区域创新环境机制意识的迟滞;2、地方政府行为机制利益取向的变异;3、地方政府政策法规倾向性偏离;4、地方政府信用行为机制缺失。针对以上四个问题提出优化区域创新系统中地方政府行为机制的对策,包括:生态足迹考核政策、有效运用金融手段、重建诚信环境;调整现代创新产权法规、促进区域创新资本的扩散政策、完善公正、规范、监督区域创新环境的政策;发展区域“官产学研资介”创新联盟、积极建设区域创新的联盟、促进区域资源整合联盟。