农产品质量安全正越来越受到关注，农产品供应链与农产品质量安全密不可分，如何控制供应链中农产品的质量安全备受关注。从农产品供应链源头关注农产品质量安全可以做到从输入环节控制质量，我国农产品供应链源头较多的存在形式是农业专业合作社或以村为单位的小农户集体生产模式，而合作社一直为包括“搭便车”问题所困扰。本文首先介绍了农产品的质量安全和我国农产品供应链源头合作社的情况，提出合作社农户搭便车问题会从源头影响农产品供应链质量安全。并且阐述了农产品供应链管理、农业专业合作社和合作社搭便车问题解决措施的相关文献。然后基于农户有限理性和具有学习能力的特征，运用进化博弈证明在没有任何防治措施时搭便车策略是农户的进化稳定策略，即在合作社存在高成本和低成本两类农户的情况下，前者倾向于搭便车，并且搭便车行为会扩散从而导致农产品质量安全问题。在提出解决机制时，本文首先从外部监管的视角利用博弈论中经典的小偷与守卫博弈指出降低监管部门成本可能是治理供应链源头质量安全的途径。但由于存在信息不对称和低效率等问题，外部监管存在困境，需要通过内部治理来配合。接着本文将视角转向内部治理，通过进化博弈框架分析设立奖励举报机制和通过个人声誉约束道德风险对进化稳定策略的影响，得出可以通过设立举报奖励机制，对合作社成员进行宣传教育，发挥合作社内技术优良者的技术指导作用和为农户提供技术培训等措施来消除搭便车行为的结论，并通过对两个合作社进行问卷调查对比得出上述措施特别是提高社员归属感和责任感对于在农产品供应链源头合作社中进行内部治理从而保障农产品供应链质量安全是有一定作用的。