独立董事制度是作为完善上市公司治理结构、保护中小投资者利益的一项重要举措被引入我国上市公司的。独立董事制度在中国运行的效果如何以及是否能发挥应有的作用成为人们关注的问题。基于这一制度背景，本文对中国上市公司独立董事制度的有效性进行实证研究，在此基础之上，结合中国上市公司特有的公司治理环境，对实证结果产生的原因进行解释，以期为我国公司治理的改革提供经验证据和理论参考。在理论研究部分中，笔者对独立董事制度有效性进行了经济学分析。首先分析了我国上市公司引入独立董事制度的宏微观背景，认为独立董事制度是在公司治理结构严重不完善的条件下推行的一种制度变迁。接着笔者基于利益相关者理论分析了独立董事制度发挥作用的本质，认为在保证独立董事独立性的前提下，独立董事制度是各利益相关者分享企业控制权的一种替代方式。最后是独立董事在我国上市公司的功能定位问题，笔者认为独立董事基本功能应定位在其监督功能上，同时应兼顾战略功能。笔者从两大方面即上市公司是否从制度上保证独立董事有效行使职权、充分发挥其作用，从独立董事是否认真、独立、有效地履行职责，构建独立董事制度绩效评价体系，包括上市公司独立董事制度执行评价体系和独立董事履职评价体系。评价体系主要包括：(1)评价主体(上市公司、中小股东、政府监管部门、独立董事、独立董事自律组织如独立董事协会)；(2)评价指标(一、二、三级指标)；(3)评价方法(模糊综合评价法、层次分析法)，并通过实例分析说明评价方法的具体运用。笔者对全国1312家上市公司所披露的2004年年报的汇总，详细地分析了我国上市公司独立董事的基本特征和独立董事制度的运行机制；对我国600名独立董事进行问卷调查，并根据调查结果分析了独立董事制度在改善我国上市公司治理结构方面的实施效果。结果显示我国上市公司独立董事制度总体执行情况良好，人员聘任基本到位，运作机制框架初步具备；独立董事制度的实施对完善公司治理结构、促进公司规范运作和保护股东利益等方面发挥重要作用。笔者通过提出理论假设，构建了非线性模型和联立方程组模型，对独立董事制度的有效性进行了实证分析，发现独立董事薪酬与公司绩效呈显著的正相关关系，即公司绩效指标随独立董事薪酬增加而提高；独立董事的行业专长背景与政治关系背景与公司的绩效也存在显著的正相关关系。从描述性统计数据来看，上市公司似乎更倾向于聘用具有行业专长和政治背景的知名人士为公司的独立董事。上市公司独立董事比例与公司绩效相关关系并不显著，这与人们对独立董事寄予的希望之间还存在一定的差距，同时也说明我国建立和完善独立董事制度是非常必要的。最后，笔者根据理论和实证研究结果，从完善我国上市公司中的独立董事制度的运行环境和完善独立董事制度的运行机制两个方面提出了完善独立董事制度的对策和建议。